1.下载数据 （Aspera下载老是断开，用prefetch下载也不慢）

1.1 ncbi找到SRR 号
1.2 创建SRR_ACC_LIST.txt 一行一个SRR号
1.3 批量下载 prefetch --option-file SRR_ACC_LIST.txt
1.4 批量将sra文件 转fastq文件 （这次写的slerm，没报错）
nano fastqdump.slerm

由于服务器用户比较多，需要提交后台运行代码，如果可以直接运行不用写slurm

写入

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=normal #normal节点或fat节点
#SBATCH -t 6:00:00 #时间，可设可不设
#SBATCH --array=0-5 #6个样本就写到5，16个样本就写到15
#SBATCH --mem=10G #分配多少G
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --job-name=fastpdump_luly
#SBATCH --nodes=1
libraries=(SRR12606495 SRR12606494 SRR12606496 SRR12606497 SRR12606498 )
prefetch ${libraries[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]} -O ./
fastq-dump ./${libraries[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}/${libraries[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}.sra --split-3 --gzip -O ./fastq
##--gzip ：输出gz格式压缩文件，节省空间，稍微多费点时间
##-O ${directory} ：设置输出的文件间路径，outdirectory改为相应路径
##--split-3 ：不知道sra是单端还是双端，默认使用--split-3

2. 过滤

mkdir fastp
nano fastp.slurm

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=normal
#SBATCH -t 6:00:00 #时间
#SBATCH --array=0-5 #6个样本就写到5，16个样本就写到15
#SBATCH --mem=10G #分配多少G
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --job-name=fastp_luly
#SBATCH --nodes=1
libraries=(SRR12606493 SRR12606495 SRR12606494 SRR12606496 SRR12606497 SRR12606498 )
fastp -i /data8/home/jclong1/Liluli/RNA-seq/rnaseq-2/raw_data/fastq/${libraries[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}_1.fastq.gz -o ${libraries[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}_1.out.fq.gz -I /data8/home/jclong1/Liluli/RNA-seq/rnaseq-2/raw_data/fastq/${libraries[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}_2.fastq.gz -O ${libraries[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}_2.out.fq.gz -q 20 -w 8 -n 6 -h ${libraries[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}.html -j ${libraries[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}.json
#-i和-o用来指定read1的输入和输出，而大写的-I和-O（注意是喔，而不是零）则是用于指定read2的输入和输出

sbatch fastp.slurm #提交slurm
squeue #查看
less slurm-数字.out #查看是否有报错
（一般来说，对于二代测序，最好是达到Q20的碱基要在95%以上（最差不低于90%），Q30要求大于85%（最差也不要低于80%）