全世界权威期刊上已经发表过超过2万份的益生菌临床试验文献(约包含测试对象50-200万人次)，这些文献表明： 益生菌的副作用仅发生于有严重免疫缺陷和对益生菌过敏的特殊人群。有严重免疫缺陷的人服用益生菌后有一定低几率产生由于益生菌而引起的感染，而过敏限于一些特殊的益生菌，如布拉酵母菌为主的酵母类益生菌，乳酸菌并未发现存在过敏现象。这些大量的科学临床试验表明，除了以上这两类特殊人群，益生菌对其他所有人都只会有好处，没有坏处。
80% 以上的人在服用益生菌时，基本不会有什么副反应的感觉，最多是肚子有些咕噜咕噜，产气比平常稍多一点而已。然而，对于很多肠道菌群已经失调的人，在服用益生菌的过程中，特别在刚开始补充益生菌的前1-4周，会出现病症加重的现象(如腹痛、多气、拉稀加重，皮肤出痘痘比之前更厉害等)，这是为什么呢？
这种现象叫做赫氏反应
治愈疾病过程中黎明前的黑暗
在一个多世纪之前，两位欧洲皮肤病学家阿道夫•雅里希 (Adolf Jarisch) 和卡尔•赫克斯海默 (Karl Herxheimer) 各自独自观察到一种奇怪的现象：皮肤病患者在接受治疗后，他们的症状在最初往往会有所加重，甚至出现发热和恶心等不良反应。然而这些不良反应持续几天到一周后，病情开始慢慢好转直至康复。继续研究发现这种现象产生的原因其实是由于有害细菌死亡的过程中会释放一些毒素，从而导致症状加重。
他们将其适用范围进一步扩大，以解释病人在接受治疗或者服用补充剂后出现不适症状。例如补充益生菌可能出现消化道不适，如肠胃胀气、排气较多、大便不成形等症状。有些人还会出现腹泻、发热、寒战、头痛、皮肤出痘痘等多种不适的症状。
这个时候，其实在人体的消化系统中，益生菌大军和有害菌正在展开剧烈的斗争。这场惨烈的战争，细菌们或者转移阵地或者备战死。有害菌为了存活会释放比平时量更多毒素，或者改变代谢途径生成新型毒素来对抗益生菌。而这些毒素在对抗益生菌的同时，也对人体产生了“副作用”的症状。所以有这些副反应症状的原因不是因为服用的益生菌，而是因为已经占据体内肠道的那些有害菌。有时这些副反应反倒是一个好信号，因为说明益生菌起作用了，有害菌正在死亡。随着坚持服用益生菌，病情就会逐渐好转，逐渐战胜有害菌，直至身体完全康复。
赫氏反应多久才能改善？
首先，要了解80%以上的健康人服用益生菌时不会出现赫氏反应。赫氏反应多发生于肠道菌群已经失调的患者。服用益生菌产生的赫氏反应通常时间不长，大多数人几天至2周(及个别严重者会最长持续到4周)就会消失，从而转向身体康复阶段。
少数人由于健康肠道菌群已经被破坏得很厉害，赫氏反应就可能就会很厉害。如果赫氏反应太厉害(如念珠球酵母菌和艰难梭菌感染者)，身体可能难以承受，可以采取的方法是将益生菌的摄入量减半，服用1周，停3-4天。这样经过几个循环，逐渐增减益生菌的摄入量。国外专家已经用这种方法通过益生菌治疗好了一部分念珠球酵母菌或艰难梭菌的感染者。
另外，请注意在服用益生菌的时候是否一下子摄入了过多的膳食纤维。如果你一下子就食用过多的膳食纤维，如全谷食物、蔬菜皮等，会促进肠道益生菌突然间大量繁殖，有害菌大量死亡释放毒素，肠道难以一下子适应这种情况。此时，可以减缓改变饮食的速度。
益生君小贴士
服用益生菌产生的赫氏反应通常并不严重，一般不需要接受治疗。但有时赫氏反应较容易和过敏反应弄混。一般服用益生菌产生的赫氏反应集中在肠胃胀气、排气较多、大便不成形等症状。个别人会出现发热、寒战、头痛、皮肤出痘痘等不适症状。
而过敏反应的主要症状是皮肤出疹子、哮喘，严重者有便血，脱水等症状，此时，应该立即停止摄入过敏原，尽快去医院就诊。
服用益生君是一个循序渐进的过程
通过跟踪检测益生君服用者体内肠道菌群的变化，临床试验研究表明，如果按疗程(一个疗程12周)服用定量的益生君，则这些益生君在人体肠道内有如下的生长变化过程:
竞争期1-4周
在开始服用益生君的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是细菌们在肠道里战争的惨烈阶段，赫氏反应也会发生在这一阶段。有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，抑制益生菌生长及对人体造成不适，益生菌也会释放大量细菌素和各种有机酸来消灭有害菌。双方的死亡量都较大。
优势期4-8周
由于坚持服用益生君，这相当于在战争中不断补充援军，在4-8周这个阶段，益生菌会逐渐占领上风。这时肠道内的有害菌数量已经低于益生菌，有害菌释放毒素和其它代谢产物的量也被大大减低，同时外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生长起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。所以这个时候人体会开始感受到病症的改善。
巩固期8-12周
继续坚持服用益生君，益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。人体对病症的改善的感觉也可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。研究显示，大部分肠道有害菌都有较强的耐酸碱性，耐胆汁和酶解的特性。 有些有害菌还会产生孢子(休眠的细菌细胞，但有及厚的特殊细胞壁保护，抗各种恶劣环境能力极强)或生物膜(细菌团体分泌的胞外多糖聚合物保护膜，对细菌有极强的保护作用)，在处于生长劣势时这些有害菌会以孢子及被生物膜保护的休眠状态下继续存活。这样的有害菌即使连抗生素也无能为力。研究显示，只有益生菌这样的生物武器才是目前对付这种有害菌的唯一办法。所以服用益生君一定至少要坚持到12周（即3个月），使益生菌和体内其它有益菌的优势最大化。
稳定期12周以上
当益生菌和有益菌在体内占有足够优势后，各种益生菌带来的正面效果才会逐渐体现出来。为了巩固这一效果，防止体内的有害菌(有害菌很难被完全杀死，多数处于休眠状态)卷土重来，建议在服用过12周的益生君之后，可以将益生君摄入量减到一半(其实不减半对身体只有好处没有坏处，只是多花钱了而已)，用来巩固益生菌的效果。对大多数人来讲，如果此时停用，这一最优化的效果可以维持一段时间，大约半年。但由于生活、饮食习惯等各种原因，现代城市人的生活方式较容易使肠道菌群无法保持最佳状态，一段时间之后，又会回复失调状态，因此需要坚持补充益生君。
