药物性肝损伤的发病机制很复杂，往往是多种机制先后或共同作用的结果，迄今尚未充分阐明。通常可概括为固有型药物性肝损伤和特异型药物性肝损伤。
固有型药物性肝损伤是指某些药物本身或（和）其代谢产物对肝脏产生的直接损伤，由于这类肝损伤与用药剂量、时间长短有关，且潜伏期短，个体差异不显著，因此在临床上往往可以预测，也便于防范和处理。近年来，由于对新药的筛选越来越严格，直接具有肝毒性的药物几乎不能通过审批，所以这类药物性肝损害已相对少见。但是，也有个别的新药因其上市后发现有肝毒性而撤市的，因为在临床实验阶段用药人数是有限的，肝毒性不会被很快的暴露出来。而新药上市后，由于大量患者应用，肝毒性就会暴露出来，特别是药物的特异性毒性在早期临床试验中很难被发现，往往要在数百万的患者开始服用后才会显露出来。
特异型药物性肝损伤与药物本身的毒性没有直接关系，是由于个体差异（基因多态性决定）或过敏因素导致药物性肝损伤。对于这种肝损伤现在临床上较为常见，但往往难以预测，而且与用药剂量关系相对不大。
