赵胤的部将甘苗在历阳击败了祖约，祖约连夜率领左右侍从几百人投奔了后赵，部将牵腾率众出城投降。
后赵的石勒十分敬重祖逖，对祖约的为人则十分鄙薄，对于北逃来投奔的祖约久久不愿接见。后来更是找了个理由将祖氏一族百余人全部在市集杀死，妇女则赐给部将为妾婢。
当初，祖逖有个胡族的奴仆叫王安，祖逖非常爱重他，对王安说：“石勒和你是同族人，你去找他吧，我也不在乎多你一个人。”然后赠给王安钱财让他去投奔了石勒。王安因为作战勇敢在后赵担任左卫将军，等到祖约被杀的时候，王安叹息说：“我怎么能让祖逖绝后呢！”于是把祖逖的一个小儿子，年方十岁的祖道重悄悄救回家藏匿起来，到石氏灭亡之后，祖道重才重新回到江南。
苏逸、苏硕、韩晃并力合攻台城，毛宝登上城墙射死几十人。韩晃在城下问毛宝：“您是毛庐江吗？”毛宝说：“正是！”韩晃说：“你以勇猛果敢闻名，为何不出城决斗！”毛宝说：“你号称是英勇善战的将领，为何不进城来决斗！”韩晃笑着退走了。
二月的时候，各路军队进攻石头，腾含重创苏逸，苏硕带领数百名骁勇士卒渡过秦淮河作战，被温峤击败斩杀，韩晃等人万分恐惧，带着部众想前往曲阿去依附张健，因为门道狭窄不便进出，士卒互相踩踏，死者上万，乱军之中，苏逸被擒获斩首。
叛军纷纷忙着逃命，慌乱之中谁也没顾得上九岁的皇帝司马衍，腾含的部将曹据第一个看见，赶紧将皇帝抱到温峤的船上。群臣见到皇帝，跪在地上嚎啕大哭，叩头不止。庾亮挤开众人，跪在最前面，连连谢罪，哽咽流泪。
司马衍没有责怪他，说：“一起都过去了，你们是忠臣。”
到了第二天，庾亮又在头上涂抹泥土，到司马衍面前谢罪，并且递上了一份辞呈，大致内容是：自己犯了大罪，请求将自己免职，全家搬到深山老林里面去。司马衍派尚书拿着他亲手写的诏书来安慰庾亮说：“这是国家社稷的灾难，不是舅舅的责任。”
庾亮又上疏写了一份长长的检讨，大意是说：“祖约、苏峻做出叛逆之事，罪过都是由为臣引发，即便是将臣一寸寸地割了，也不足以向神灵谢罪，不足以平息天下人的责难。朝廷有什么道理再将臣与他人相提并论，臣又有什么脸面跻身于人前呢！陛下保全了臣的头颅也就行了，对臣还是应当抛弃不顾，让臣自生自灭，那么天下人便知道劝善罚恶的纲要了。”
晋成帝再次下诏安慰说：“苏峻今年不反，明年也会反，舅舅亲自身披铠甲，是立了大功的，怎么还说过去的错误呢！”
庾亮没有听从，一个月后，建康传来惊人的消息，庾亮不辞而别，带着全家人出海了。司马衍大惊，马上派人去追，又通知地方官堵截，终于把庾亮给劝了回来。庾亮请求到外镇效命，于是朝廷任命他为持节，都督豫州、扬州诸军事，庾亮接受了任命，去镇守芜湖。
义军进城后，投靠苏峻的西阳王、彭城王等人先后被斩杀，陶侃和任让有旧交，想为他求情免死，司马衍说：“此人杀害了我的侍中钟雅和右卫将军刘超，罪不可赦。”于是杀死了任让。
司徒王导进入石头，让人把晋元帝给他的符节拿来，陶侃揶揄他说：“苏武节好像不是这个样子。”王导羞愧满面，无地自容，慌忙令人把节收起。
在曲阿的张健怀疑部将背叛自己，将他们全部杀死，率领水军从延陵准备进入吴兴，被杨烈将军王允之重创，俘虏男女一万多人。张健又和韩晃、马雄等人西奔，郗鉴派参军李闳追击，两军在平岭山相遇，李闳击败并斩杀了众人，苏峻之乱至此正式完结。
苏峻、祖约之乱对东晋的门阀士族打击很大，所以后来他们在争斗时方式有所顾忌，不敢再轻易地大动干戈，因此东晋得以免除内战达七十年之久。
此时建康的宫阙经过战乱都已经化为灰烬，温峤建议迁都豫章，三吴之地的豪杰请求定都与会稽，大家争来争去，不知道哪样为好。王导说：“孙权、刘备都说建康是帝王的宅府，古代的帝王，不因为简陋或豪华而移都，只要务本节用，还愁什么暂时的凋敝！如果不认真从事农作，那么乐土也会变成废墟。况且北方的贼寇像游魂一样，在窥伺我们的可乘之机，我们一旦表现出胆怯，跑到南越蛮荒之地，无论从声名和实际考虑，都不是好办法。现在只要保持宁静，人心自会安宁。”因此决定不再迁都。
随后，朝廷评议平定苏峻的功绩，论功行赏，陶侃加封太尉，郗鉴为司空，温峤为骠骑将军，卞壶、刘超、钟雅等人都追赐谥号。路永、匡术等都是苏峻的旧党，苏峻没有败亡时，路永等人叛离苏峻归附朝廷，王导想赏给他们官爵，温峤坚决反对，说：“路永等人都是苏峻的心腹，首先参与并导致祸乱，没有比这更大的罪过了，后来虽然觉悟改正，但不足以赎以往的罪孽，能够保全首级，已经是很大的侥幸了，怎么还能褒奖他们呢！”王导这才停止。
陶侃、温峤征讨苏峻时，发布檄文给各地官员，让他们各自领兵前来援助，湘州刺史卞敦拥兵不前，又不供给军粮，只是派督护带领了几百人跟随大军而已。等到苏峻被平定，陶侃上奏卞敦阻碍军务不赴国难，请求用槛车拘捕送交廷尉治罪，王导则认为在丧乱之后，应该表现宽宥，只是让他转任为安南将军，广州刺史，卞敦忧愁愧疚而死。
司马光评论说：庾亮以外戚的身份辅佐朝政，引发祸端，导致国破君危，自己却逃窜以求苟免；卞敦位列方镇大员，兵员和粮食都很充足，朝廷倾覆之时，却坐观胜负，人臣的罪过，哪有比这还大的！但朝廷不仅没有对他们明正典刑，反而用宠信和爵禄回报，晋室无国政可言，由此也可知晓了，应当承担这种责任的人，难道不是王导吗！
四月，忠武公温峤去世，葬在豫章，朝廷想在元帝、明帝的陵墓北边为他建造大墓，表彰他的功勋，太尉陶侃上表说：“温峤忠诚著于圣世，勋义感于人神，假如人死有知，难道会为今天这种劳民伤财的事情感到高兴吗？希望陛下慈爱有恩，停止移葬之事。”司马衍于是下诏听从了他的意见。
