文章参考于李金明先生主编的《高通量测序技术》一书
一、样本的选择
- 本次的样本来源于小鼠8个不同的组织（每个组织两个重复）
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数据来源于SRA数据库（PRJNA177791）
样本信息如下：
image.png
二、数据前处理
2.1 SRA数据的下载
建议参考https://www.jianshu.com/p/db712f07edd2来进行。
2.2 SRA数据解压
2.3 参考基因组下载
- 参考网址https://www.gencodegenes.org/mouse/
版本为GRCm38.p6 即mm10的最新版。
需要下载的文件有三个： -
gtf文件：
image.png
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lncRNA的gtf文件
image.png
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基因组的Fasta文件
image.png
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在这里吐槽下迅雷彻底没速度，浏览器10-20k，真是淡淡的忧桑。
