“内在超越”显然不是儒家经典中的固有术语，它是由现代新儒家学者创造出来的。
这一概念的提出带有强烈的应激性，是中国学者在西方观念的猛烈冲击下，进行的理论自卫。
黑格尔认为孔子的学说欠缺超越性，而中国的宗教仅属于低级的自然宗教。
面对“中国没有哲学”、“中国缺乏超越性”的指控，现代新儒家急切需要一种理论武器，来证明中国古代传统思想不仅有超越性，而且其超越性比西方的更优越。
最早触及这一思路的是唐君毅。1953年，他谈到“天一方不失其超越性，在人与万物之上；一方亦内在于人与万物之中”。但将这一思路系统化并推向学术前台的是牟宗三。1963年，牟宗三在《中国哲学的特质》中给出了“内在超越”的标准表述：
“天道高高在上，有超越的意义。天道贯注于人身之时，又内在于人而为人的性，这时天道又是内在的。因此，我们可以康德喜用的字眼，说天道一方面是超越的，另一方面又是内在的。天道既超越又内在，此时可谓兼具宗教与道德的意味，宗教重超越义，而道德重内在义。”
牟宗三借鉴了康德的现象与本体二分、实践理性优先等思想资源。在康德那里，“超越”指的是完全超出经验之外、不可知的本体界（如上帝、自由意志、灵魂不朽），“内在”则指存在于经验世界之中。二者是严格二分的。
牟宗三试图克服康德哲学中实践理性法则与道德实践之间的断裂。在康德那里，道德法则来自理性，但人是否能够真正按道德法则行动，始终是一个悬而未决的问题。牟宗三要做的，是把道德法则直接内化为人的本性，只有这样，道德实践就不再是应然的追求，而是实然的呈现。
牟宗三借鉴《大乘起信论》“一心开二门”的义理架构，创造性地诠释儒家心学。通过将心学的主观性“充其极”，他把儒家道德视域中的内外问题彻底内在化，上下问题则被消解。
有学者精辟地指出：先秦儒家的超越思想本包含“上下”和“内外”两个维度。上下指向天人关系，内外指向心灵与外在世界的关系。牟宗三的“内在超越说”将上下问题归约为内外问题，是对儒家超越思想的一种滑转。
“上下”追问的是天与人之间是什么关系？天是否在人之上、之外？“内外”追问的是人的心灵能否超越自身的局限？这两个问题本来不同。
将“上下”化为“内外”，等于取消了天作为一个独立于人的超越维度的资格。天不再是在人之上、之外的存在，而只是人内心的一种状态或境界。这实际上是用心性吞没了天道。
“内在超越”这个短语在逻辑上构成一个悖论：“超越”的本义恰恰意味着“外在性”。超越者是在人的存在及其凡俗世界之外、之上的存在者。一个内在的东西，如何还能是超越的？
张汝伦的批评切中要害。他指出：“内在超越”论根本误用了“超越”这个西方哲学的基本概念，本身也根本讲不通。他提出了一个尖锐的逻辑追问：“当天道贯注于人身而为人之性时，如何又能说它‘高高在上’？如何还‘有超越的意义’？”
如果人之性就是贯注于人身的天道，而天道就是创造性本身，那么“性与天道”岂不就是在说“性与性”？如果不是，那天道与人性就不是一回事，也就不可能既内在又超越。这个二难推理至今无人给出令人信服的回应。
冯耀明从分析哲学角度进行的批判更为系统。 他的《“超越内在”的迷思》一书运用逻辑分析和概念分析的方法，审核当代新儒学的基本概念和论证结构，结论是：“超越内在”的主张不足以标示中国哲学的特色。安乐哲、郑家栋等学者也通过剖析“内在”与“超越”在学理层面的相互悖反性，阐明“内在超越说”的不可证立性质。
李明辉的辩护恰恰暴露了问题。为了替乃师辩护，李明辉试图重新诠释“超越”，将其解释为“高于实际”或“理想”。但张汝伦的反驳一针见血：“高于实际”和“理想”可以是“超越的原理”，但不能是“现实”。这就如同黑不能是白一样。如果“超越”可以被随意重新定义到“内在”可以容纳的程度，那“超越”还有什么独立的意义？
“内在超越说”最隐蔽也最严重的后果，不在于它逻辑上是否自洽，而在于它改变了儒家思想的基本结构。
在先秦儒家中，天是一个具有独立性和超越性的维度。孔子“畏天命”，孟子“知天”，《中庸》“天命之谓性”。天始终是那个高高在上的参照系，是人需要敬畏、需要去“知”去“合”的对象。天与人的关系是一种有张力的关系：天在人之上，人需要向上攀升以达到天。
但“内在超越说”把天拉进了人的内心。天不再是外在于人的超越者，而只是人内在心性的一个别名。用张汝伦的话说，新儒家“无非是要将超越之天变为人内在的主体性”。
后果是什么？天人之间的张力消失了，敬畏消失了，向上的维度消失了。剩下的只有人的自我膨胀。人不再需要仰望什么，因为天就在自己心里；人不再需要敬畏什么，因为自己就是天的化身。有学者指出，宋明以来内在超越的完备发展潜藏着人对天的僭越。这并非危言耸听。
更进一步，如果天只是人的内在心性，那么天人合一就不再是两个不同存在者之间的合一，而只是一个存在者对自己的确认，这还叫“合一”吗？合一的前提是二，天与人首先必须是两个东西，才谈得上合。把天消解为人，天人合一就成了同义反复。
“内在超越说”从20世纪80年代开始在大陆学术界广泛流行。近四十年来，围绕它的争论连绵不绝。它被一些人奉为圭臬，被另一些人斥为迷思。
但一个值得注意的现象是：最有力的批评大多来自中国学者自己——张汝伦、冯耀明、郑家栋、黄玉顺、吴飞等。这不是外部对中国的攻击，而是中国学者对自身学术建构的反思。这恰恰说明中国哲学界已经逐渐摆脱了那种“证明自己不比西方差”的防御心态，开始以更冷静的态度审视自己的理论遗产。
“内在超越”作为一个概念，它的命运或许已经注定，它曾经是一个有用的理论武器，帮助中国哲学在西方话语霸权下争取了一席之地。但它作为一个精确的哲学描述，终究经不起严格的逻辑检验。伟大的理论发明与跨文化的美丽误会之间，有时只有一步之遥。“内在超越”恰好站在了这条线上。
