新手起步：

抄笔记：

获取示例数据：在公众号--生信星球后台回复：“数据类型”即可获得
（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径 getwd()
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫“数据框”
（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
（8）数据类型（重点只有两个，剩下的不看）

数据结构

思维导图：

image.png

抄笔记：
获取示例数据：在公众号后台回复：“数据类型”即可获得
（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径 getwd()
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫数据框
（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
（8）数据类型（重点只有两个，剩下的不看）

学习内容：

向量（vector）👈重要
矩阵（Matrix）
数组（Array）
数据框（Data frame）👈重要
List

1. 向量

1.1 元素、向量和标量

抄笔记：

元素：数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分标量与向量；

标量：一个元素组成的变量；

向量：多个元素组成的变量；

补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。

image.png

1.2 赋值

使用时，一般都会直接给变量定义，也就是“赋值”，字面意思是赋予这个变量一个数值（其实也不一定是数值，还可以是字符串/数据框等等）。

x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x

抄笔记：
新手tips：
如果你把这几行代码都打过了，那么x就被你赋值了4次，结果就是，第一次赋值被第二次的覆盖了，第二次的赋值又被第三次的覆盖了，以此类推，以最后一次为准哦。

练习1-1：

image.png

PS：教程里的例子未能理解，先跳过。

1.2 从向量中提取元素

1.2.1 根据元素位置

#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

练习1-2：

image.png

1.2.2 根据值

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

练习1-3：

image.png

从向量中提取元素的命令参考：
R语言笔记-向量操作

2. 数据框：

抄笔记：
示例数据是如何获得的？（可跳过）
（1）新建doudou.txt，输入以下（如果教程里让你新建，又没说在哪里，你就默认在工作目录下新建。）
X1,X2
A,1
B,
C,
D,3
E,
小抄截图中显示的NA表示空值，所以新建的时候像我一样空着就好。
用以下命令即可获得示例数据框：
X<-read.csv('doudou.txt')
将示例数据放在你的工作目录下（！！！重要）

2.1 读取本地数据

（以huahua.txt数据为例，记得一定要放在工作目录里，否则报错。）
本节笔记参考前学员笔记

read.table函数读入数据

文本数据常用储存格式有两种：一种是CSV（逗号分隔符文本），另一种是TXT（Tab分隔符或空格分隔符）。

当数据文件所在目录被设为工作目录时，读入文件只需要写文件名:read.table('cancer.txt', header=TURE)

当不设置工作目录时，读入文件时需要写完整路径:read.table('C:/Data/mydata/cancer.txt', header=TURE)

2.1.1 读入txt格式文件

read.table("huahua.txt",sep="\t",header=T)
或
read.table("doudou.txt",sep=",",header=T)
或
read.csv("huahua.txt",sep = " ",header =T)

但是不能read.csv("huahua.txt",sep = "\t",header =T)

image.png

sep，header是比较常用的参数，可以看帮助文档理解。

sep=
sep= ：文件中的字段分离符，用于文件数据文本的读取和保存过程中指定分割符号。

一般情况下：

csv 文件 sep = “,” # 以逗号分割

txt 文件 sep = “\t” #以制表符分割

其他文件 sep = " " #以空格分割

具体情况，具体调整
~~>* 若不指定sep参数，则默认参数sep='\t'。~~
来源：R语言文本文件分割符号 sep;前学员笔记

练习：比较sep = ","、sep = "\t"，sep = " "，sep = "? "。

image.png

未完待续：
（1）比较read.table("doudou.txt")、read.csv("huahua.txt")、read.table(‘doudou.txt’)、read.csv(‘huahua.txt’)；

（2）比较read.table("huahua.txt",sep="\t",header=T)、read.csv("huahua.txt",sep="\t",header=T)；

注意：doudou.txt与huahua.txt的区别。

结论：读取txt文档时，sep = ""、sep =，sep以及不输入sep都不可以；必须对sep赋值。

"header="
一个逻辑值（header=TRUE or header=FALSE），用来反映这个文件的第一行是否包含变量名。

header=T 代表读入数据时将第一行作为列名;

header= F 不使用文件中第一行作为列名；

来源：数据导入读取read.table函数详解，如何读取不规则的数据（fill=T）；前学员笔记

练习：比较header=T与header= F

image.png

2.1.2 读入csv格式文件

read.csv("XX.csv",sep=",",header=T)，必须指定sep=","。
若使用read.csv函数读入数据时，则必须设置txt格式文件读入sep="\t"，而不需要指定csv文件的sep，因为默认为","。
来源：前学员笔记

image.png

2.2 设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

（其实我们这个数据框并不需要改，如果你已经改了，知道怎么撤销吗？用刚才的read.table命令重新赋值一遍就可以覆盖掉你刚才改瞎的了。这也就是变量为什么叫"变"量）
嗯。我故意写了个大写的X，就是告诉你一下大小写是严格区分的，耶。

image.png

2.3 数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）

write.table函数 write.table (x, file ="", sep ="", row.names =T, col.names =T, quote =T)
x：需要导出的数据
file：导出的文件路径或名称
sep：分隔符，"\t"或","或" "
row.names：是否导出行序号，T是导出行序号
col.names：是否导出列名，T是导出列名
quote：字符串是否使用引号表示，T用引号表示，F则不用双引号。
来源：前学员笔记

image.png

2.4 变量的保存与重新加载

这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

save(X,file="123.RData") #在数据没有处理完时临时保存
load("test.RData") #重新加载
来源：前学员笔记

image.png

2.5 提取元素

(这里的X是的刚才的变量名，实际应用要懂得替换。)

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

image.png

2.6【选修部分】直接使用数据框中的变量

未学习

问题：

回答问题：save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
回答：重新对X进行赋值，读取本地数据。

《学习小组Day5笔记--旮旯里的山大王》

《学习小组Day5笔记--旮旯里的山大王》

数据结构

1. 向量

1.1 元素、向量和标量

1.2 赋值

1.2 从向量中提取元素

1.2.1 根据元素位置

1.2.2 根据值

2. 数据框：

2.1 读取本地数据

read.table函数读入数据

2.1.1 读入txt格式文件

2.1.2 读入csv格式文件

2.2 设置行名和列名

2.3 数据框的导出

2.4 变量的保存与重新加载

2.5 提取元素

2.6【选修部分】直接使用数据框中的变量

问题：