Inferring the age of a fixed beneficial allele

2015 年发表在 Molecular Ecology 上。通讯作者为 School of Life Sciences, Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL), Lausanne, Switzerland 的 Jeffrey D. Jensen。

推算有利等位基因的 allele age（接下来就直接叫做年龄啦）及其受选择强度对于理解适应过程很重要。已有几种基于单倍型的对于单个有利变异的年龄推算方法。

研究者们开发了一种基于近似贝叶斯计算的方法，能够在单个群体中计算固定下来的有利变异的参数。研究者们将现存多样性、位点频率谱、单倍型和连锁不平衡都纳入考虑。研究者们表明，对于 de novo 变异的强烈的选择清扫，即使是在不符合平衡（应该是哈温平衡）的种群历史的情况下，该方法也能够估计 allele age。研究者们还将该方法延伸到了作用于 standing variation 的选择的模型，并且同时对于 在频率达到什么水平时选择开始发挥作用 进行了估计。

研究者们将这一方法应用于之前已经鉴定的对于野生鹿鼠（deer mouse）群体中保护色突变的年龄以及选择强度进行了分析，并且与之前发表的结果、地理数据进行了比较。