samtools用于操作Sam文件和bam文件,即储存序列比对信息的文件。
1,首先需要下载samtools包的压缩文件,访问https://github.com/samtools/samtools寻找最新的包,Linux下通过wget下载
- 安装
安装前需要确认依耐的包是否已经安装,具体参见https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL
当HTSlib中的若干包未安装,或直接安装samtools提示错误时,需要手动安装。具体参见上述连接中,文末的system specific details条目,根据自己的Linux系统发行版本进行安装。
可能需要先更新Linux:
yum update
解决了依耐包之后,用:
./configure
make
make install
进行安装。