学习小组Day3笔记-蝈蝈

linux环境下的软件安装

linux 环境类似于只有编程语言的电脑，需要把特定的代码和操作联系起来。接受程度上没有普通的Windows或者macos直观。但是，一旦把代码和操作的记忆联系起来后就十分的方便。唯一的问题就是，年龄大了，记忆力不好，需要反复的浏览或者查看来确定自己处在正确的位置

• Appstore 应用商店

  
  
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  清华 minicoda

• 进入software目录

cd -/biosoft

• 下载安装包

wget link

• Install

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

根据指令确认和接受 enter， yes

• 激活conda

source -/.bashrc

• 添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

• 安装软件

conda install fastqc -y

指定版本号安装

conda install fastqc=0.11.7 -y

• 确认软件安装成功
  查看help文档

fastqc --help

• 卸载软件

conda remove fastqc -y

拓展

• 查看当前的conda环境有哪些（虚拟机？）

conda info --envs

• 建立特定的conda环境（特定分析用的电脑？）

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

创建后可再次查看conda环境，确认是否成功创建

• 激活conda 环境 （设置默认工作区？）

conda activate rna-seq

根目录前出现rna-seq，并且*转移至新conda环境