m6A研究工具篇 | 首个针对m6A WER靶基因的综合数据库M6A2Target

m6A作为最丰富的RNA修饰,是目前研究最多的课题之一。m6A修饰是一个动态/可逆的过程,由一系列的writers,erasers和readers(WERs)调节。不同的WERs可能有不同的功能,甚至同一个WERs在不同的条件下也可能有不同的功能,这主要是由于WERs所针对的下游基因不同。因此,鉴定WERs的靶点对于阐明这种动态修饰尤为重要。然而,目前还没有一个公共资源库来存放WERs的已知靶点。

来自中山大学肿瘤防治中心的研究团队开发了M6A2Target数据库,提供了人类和小鼠物种中所有已识别WER的靶点及其相关的详细综合信息,是首个针对m6A WER靶点基因的特定资源库。

M6A2Target不但收集了已有文章报道的实验验证的靶基因(Validated Targets),还通过高通量测序数据分析获得了大量的潜在靶基因(Potential Targets)。目前,m6A2Target包含1034个经实验验证的WER-target pairs,124,772个与WER相互作用的WER-target pairs,以及330,102 个具有差异表达水平、差异甲基化水平、差异翻译效率或差异可变剪接水平的WER-target pairs。


M6A2Target的主要功能

用户可以通过M6A2Target的web界面浏览、搜索和下载m6A WER及其目标的所有相关数据。M6A2Target主要由五个模块组成:

Validated Targets:储存了已经实验验证的m6A WER靶基因(包括免疫共沉淀、RNA pulldown、荧光素酶报告基因系统、敲低或过表达并得到qPCR的验证等)。用户可以查询特定物种、特定细胞系或特定类型WER中的已验证靶标。

Potential Targets:该模块储存了通过高通量测序数据分析预测的靶基因,包括Binding与Perturbation两部分:1)具有Binding证据的潜在靶点主要来自对所有可用WER的CLIP-seq、RIP-seq、ChIP-seq和质谱数据的分析;2)Perturbation主要是收集了Ribo-seq, RNA-seq, Merip-seq等数据中由于WER扰动,如敲除、敲降、过表达和突变等导致下游m6A水平、基因表达水平、可变剪接或者翻译效率发生改变的WER,作为潜在靶基因。用于查询是否存在潜在靶基因。

Genomic Browser:提供了一个IGV基因组浏览器来可视化靶标。

Search:用户可以搜索任何感兴趣的基因,以检查它是否是任何WER的有效或潜在靶标。

Download:允许用户下载所有已验证的靶标和人类或小鼠物种的潜在靶标。


M6A2Target的实操使用

靶基因明确,快速获取靶基因的相关信息。以EGFR为例,我们直接在主页面快速检索框中输入目的基因,搜索结果分为三个列表(Validated Targets、Binding和Perturbation),分别展示了物种、细胞系、WER类型/名称、文献(已验证靶标)、作用方式/下游影响(潜在靶标)等信息,点击表格最后一列“Detail”可得到详细信息。


靶基因不明确,反推靶基因,可以使用Validated Targets和Potential Targets实现。例如在Validated Targets模块中设定好物种,细胞系以及WER类型的信息,即可在列表中得到靶基因的相关信息。


此外,还可以使用Genomic Browser可视化靶基因。


M6A2Target访问地址:http://m6a2target.canceromics.org


相关阅读

专题课程回顾合集<四节课带你玩转表观组学>

m6A × 肿瘤相关lncRNA研究思路

『珍藏版』Mol Cell综述 | m6A背景依赖性功能的实现

m6A+circRNA | 没有哪篇SCI是“热点”解决不了的,如果有,就再加一个

国自然中标小能手「m6A修饰」的新功能研究


首发公号:国家基因库大数据平台  

参考文献

Deng S, Zhang H, Zhu K, et al. M6A2Target: a comprehensive database for targets of m 6 A writers, erasers and readers[J]. Briefings in bioinformatics, 2021, 22(3): bbaa055.

图片来源于M6A2Target,如有侵权请联系删除。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 216,001评论 6 498
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 92,210评论 3 392
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 161,874评论 0 351
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,001评论 1 291
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,022评论 6 388
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,005评论 1 295
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,929评论 3 416
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,742评论 0 271
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,193评论 1 309
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,427评论 2 331
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,583评论 1 346
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,305评论 5 342
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,911评论 3 325
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,564评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,731评论 1 268
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,581评论 2 368
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,478评论 2 352

推荐阅读更多精彩内容

  • m6A是N6-腺苷酸甲基化,当RNA分子发生甲基化后,m6A甲基化识别酶可以与RNA分子结合,调控RNA的稳定或者...
    纪伟讲测序阅读 295评论 0 1
  • 表情是什么,我认为表情就是表现出来的情绪。表情可以传达很多信息。高兴了当然就笑了,难过就哭了。两者是相互影响密不可...
    Persistenc_6aea阅读 124,847评论 2 7
  • 16宿命:用概率思维提高你的胜算 以前的我是风险厌恶者,不喜欢去冒险,但是人生放弃了冒险,也就放弃了无数的可能。 ...
    yichen大刀阅读 6,046评论 0 4