给你看,我用的就是这些包🧐

刘小泽写于2020.4.19
题目依然是花花帮忙起的
今天来介绍一个简单又实用的需求,就是如何自动化给每个包添加对应的说明和版本信息

前言

我们首先来假设一个情境,而且一定会遇到:

我自己有一个脚本,想发给别人用,但别人收到后却产生某个包的报错。于是第一步,他会问:你用的R包都是哪个版本啊?我怎么重复不出来?

这时一般我们会用sessionInfo(),得到下面的全部配置

但当我们安装的R包数量有点多时,别人可能要仔细从中寻找对应的包的版本

那么问题来了:能不能一开始加载包的时候,就直接标注包的版本呢?

一个善于观察的人写了一个有趣的包

这个人叫:Luis Verde Arregoitia (https://github.com/luisDVA/annotater)

他在帮助同事进行R debug时发现,同事的脚步中调用了大量的R包,而且错误主要是由于包的依赖关系没有搞好(可能某个依赖包的版本太旧或者太新),另外有很多R包已经忘记是做什么用的了,需要现场一个一个查。

最后,他利用utils::packageDescription()对每个包都查看了一下title和version,最后整理出来,标注好了每个包的作用

# package load ------------------------------------------------------------
library(readr) # Read Rectangular Text Data
library(dplyr) # A Grammar of Data Manipulation
library(sensiPhy) # Sensitivity Analysis for Comparative Methods
library(tibble) # Simple Data Frames
library(weatherData) # Get Weather Data from the Web

他嫌一个一个操作太麻烦,于是他写了个包,对每个R包批量进行utils::packageDescription 查看,并且一键式操作

我们来看看这个包

首先是安装

# install.packages("remotes")
remotes::install_github("luisdva/annotater")

然后重启rstudio,会发现插件(Addins)这里多了这个annotater包

最后一键式操作,点击Annotate package calls in active file

就会看到:

来一个动图:

添加包的说明信息
当然,除了能看每个包的作用(也就是它们的标题),版本可能是更为关心的

再来一个动图:

添加版本信息

但这里需要说明,这个插件只能在library()后面没有注释的情况下使用;
当添加了标题信息后,就不能继续在后面添加标题信息

除非把之前的标题信息换行,保证library()没有注释,就可以继续添加新的版本信息【就像下面这样】

最后再回顾一下两个常用的功能:

欢迎关注我们的公众号~_~  
我们是两个农转生信的小硕,打造生信星球,想让它成为一个不拽术语、通俗易懂的生信知识平台。需要帮助或提出意见请后台留言或发送邮件到jieandze1314@gmail.com

Welcome to our bioinfoplanet!

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,271评论 5 476
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,275评论 2 380
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,151评论 0 336
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,550评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,553评论 5 365
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,559评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,924评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,580评论 0 257
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,826评论 1 297
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,578评论 2 320
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,661评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,363评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,940评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,926评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,156评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,872评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,391评论 2 342