iTOL的使用(上)


1.Color ranges

-点想要涂色的那个分支出现菜单-colored ranges-creat a new range(创建名称、颜色)

(新建之后后续若想使用同色可直接选用,不必重建新颜色)

颜色可涂label,clade,full


涂色


boder(框)有无,线条粗细及颜色


保存:可将此框拖到中间保存
colored range legend(标签):点左边两个可出现右边效果(可在小框框改title和range名,若想重新排序图标位置,可直接拖拽。点右边的设置可改颜色和名称,然后保存)

2.Branch styles

点分支出现菜单-Branches-this node或whole clade       功能:可改线条颜色、粗细(width factor)、实虚线(line)

此处改的粗细是在整个线条粗细的基础上的。刚刚标签的设置按钮-basic-Branch options框里的line style可改整个线条粗细

3、Label

功能:设置单个标签(基因名称的位置)字体颜色、背景颜色、字体大小(字体大小是在所有字体的大小基础之上的,也就是说单个可以设的比所有字体大)、加粗、斜体

可whole clade或this node

this node 只在非collapse状态下可编辑

collapse clade:

collapse(封闭) clade后的样子

若点菜单-collapse clade之后:可编辑this node 新建新的node(this node-edit node)

整个设置里的collapse clade选项可编辑所有collapse clade的lable的粗细大小等mamual 

annotation tools:

注意:必须在快结束才能使用这个功能,因为它不会随着树的放大缩小移动位置

功能:可画圈等等

点fill 中的右边那个可改成empty(无填充)


annotation tools

4、Using annotation templates

来自生信小王子的例子(https://zhuanlan.zhihu.com/p/42438544

批量操作

本文以修改进化树的颜色为例:

# 修改类型TREE_COLORS

#分隔符类型(此处为逗号分隔,也可以使用TAB或者空格分隔,具体查看官方文档)SEPARATOR COMMADATA

# 修改标签颜色

NODE_ID,label,COLOR,label_style(normal为普通,bold为加粗,italic为斜体,bold-italic为加粗并且斜体),label_size

# 例如,我想修改标签NU_1008为蓝色,且加粗字体,字体大小为2NU_1008,label,#0000ff,bold,

2# 为标签添加背景色

NODE_ID,range,COLOR

# 例如,我想为标签NU_1008添加淡紫色背景

NU_1008,range,rgba(200,200,255,0.8)

# 例如,我想为NU_1008至NU_1018之间的标签添加淡紫色背景NU_1008|NU_1018,range,rgba(200,200,255,0.8)

# 修改分支颜色

NODE_ID,branch,COLOR,branch_style(normal为实线,dashed为虚线),branch_size

# 例如,我想修改标签为NU_1008的分支为蓝色,且把分支设置成宽为2的虚线NU_1008,branch,#0000ff,dashed,2


查看颜色代码
最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 212,542评论 6 493
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,596评论 3 385
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 158,021评论 0 348
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,682评论 1 284
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,792评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,985评论 1 291
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,107评论 3 410
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,845评论 0 268
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,299评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,612评论 2 327
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,747评论 1 341
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,441评论 4 333
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,072评论 3 317
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,828评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,069评论 1 267
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,545评论 2 362
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,658评论 2 350