Linux安装软件

一、了解conda

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。

微信公众号 生信星球

二、服务器下载miniconda

清华开源镜像站-Anaconda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载成功！

三、安装和配置miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装成功

激活conda

source ~/.bashrc

成功

添加镜像

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

四、使用miniconda

conda list #查看服务器上已安装的所有软件列表

conda install fastqc -y #安装软件

出现帮助文档说明安装成功~

安装成功

conda remove fastqc -y #卸载软件

五、不同项目，需不同conda环境

conda info --envs #查看当前conda有哪些环境

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #conda环境名为rna-seq，指定python版本，安装两个软件

创建conda环境

再次查看环境

conda activate rna-seq #激活

激活新conda环境

conda deactivate #退出

退出当前环境

(以上学习内容来自微信公众号——生信星球）