学习小组Day5笔记- 邬阳

生信星球学习Day5

一、向量

1.标题和向量的区分

标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量

> x<- c(1,2,3)#常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
> x
[1] 1 2 3

> x<- 1:10#从1-10之间所有的整数
> x
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

> x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
> x
 [1]  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0
[12]  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0

> x<- rep(1:3,times=2)#1-3 重复2次
> x
[1] 1 2 3 1 2 3

2.从向量中提取元素

• 根据元素位置

> x[4] #x第4个元素
[1] 1

> x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
[1] 1 2 3 2 3

> x[2:4]#第2到4个元素
[1] 2 3 1

> x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
[1] 1 2 3

> x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
[1] 1 2

• 根据值

> x[x==10]#等于10的元素
integer(0)

> x[x>2]
[1] 3 3

> x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
[1] 1 2 1 2

二、数据框

要将数据放在工作目录下，或设置工作目录到数据文件所在位置。
将工作目录放在桌面，代码setwd("~/Desktop")
也可以这样设置：

设置工作文件夹.png

(1) 读取本地数据
a<-read.table(file = 'huahua.txt',sep = '\t',header = T)
(2) 设置行名和列名

> X<-read.csv('doudou.txt') 
> colnames(X) #查看列名
[1] "X1" "X2"
> rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
[1] "1" "2" "3" "4" "5"

X.png

> colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改

Xrename.png

> X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "   ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

X3.png

(3)数据框的导出

> write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)

yu.png

（4）变量的保存与重新加载

> save.image(file="bioinfoplanet.RData")
> save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
> load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

save.png

(5)提取元素

a.png

> a[4,2]#第4行、第2列
[1] 3

> a[2,]#第2行，所有列
  X1 X2
2  B NA

> a[,1]#所有行，第1列
[1] "A" "B" "C" "D" "E"

> a[1]#第1列
  X1
1  A
2  B
3  C
4  D
5  E

> a[1:2]#第1到2列，等于a[,1:2]
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA

> a[1:2,]#第1到2行，所有列
  X1 X2
1  A  1
2  B NA

> a[c(2,4),]#第2、4行，所有列
  X1 X2
2  B NA
3  C NA
4  D  3

> a[c(1,2),2]#第1，2行，第2列
[1]  1 NA

（6）【选修部分】直接使用数据框中的变量

> options(stringsAsFactors = T)
> a <-data.frame(case=paste0("S",1:9),values=runif(9))
> plot(a$case,a$values)

Rplot03.png

• attach用法

> attach(a)
> plot(case,values)
> detach(a)

• with用法

> with(a,{
+     plot(case,values)
+     x<<-summary(values)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
+ })
> x #运行完后打印x