文章中出现的代码示例，出自公众号生信星球

数据结构

向量（vector）👈重要
矩阵（Matrix）
数组（Array）
数据框（Data frame）👈重要
List

向量

标量和向量的区分

元素：是指数字或者字符串（用chr表示），用元素区分标量和向量

标量：一个元素组成的变量 1/‘abc'
向量：多个元素组成的变量 c(1,2,3) c('a','b','c')

定义变量=赋值，赋予变量一个值（字符串、数据框、数值等）

x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x

tips

重复给X赋值，那么X经过每次赋值，都会覆盖上次内容，以最后一次赋值为准

给变量赋值后，在中可以看到变量赋值结果

从向量中提取元素

根据元素位置

#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

根据值

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

数据框

读取本地数据

将示例数据放到工作目录里，否则会报错

read.table(file="huahua.txt",sep='\t',header=T) #读取huahua.txt
a<-read.table(file="huahua.txt",sep='\t',header=T) #变量a为huahua.txt的内容

sep分割符在设置，看文本文件中每个元素是怎么分割的

？read.table 学习此函数用法

设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）

变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

提取元素

X[x,y]#第x行第y列

X[x,]#第x行

X[,y]#第y列

X[y] #也是第y列

X[a:b]#第a列到第b列

X[c(a,b)]#第a列和第b列

X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

总.png

问题：save(X,file="test.RData")这句代码如果报错X not found，是为什么，应该怎么解决？

可能是X没有被赋值，或者代码中的标点符号错误，没有区分英文字母大小写
检查X是否被赋值和代码中的标点符号（注意大小写，英文标点符号）

Tips

显示工作路径 getwd()
查看变量类型class()
R的代码都是带括号的，括号必须是英文的
表格在R语言中改名叫数据框
用？+函数名字，查看帮助，找到example部分，查看应用例子

image.png

学习小组Day5笔记-新然