7.1 更新内容

偶然发现有人写了个包，直接用就行，很方便，就是保存文件有点小bug
点击链接跳转
用法：
下载全部文件，在下载目录操作就行。注：需要提前安装svgutils包

参考链接

KEGG Weblink：

1.https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/191/

ipath：

2.https://www.kegg.jp/kegg/docs/weblink.html

3.https://pathways.embl.de/ipath3.cgi

pathview：

4.https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/639/

5.https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/pathview/inst/doc/pathview.pdf

ipath3:

批量生成通路图并保存本地。（无交互）

如果不知道Cooki以及User-Agent'等信息，网页按F12查看接口信息

    def keggAPI(ko_ID,ko_dict,ipath_result_dir):

    url = 'https://pathways.embl.de/mapping.cgi'

    headers = {'Content-Type':"application/x-www-form-urlencoded",

            'Cookie':【替换成自己的】，

              'User-Agent': 【替换成自己的】,

              'Accept':"svg/html,text/html,application/xhtml+xml,application/xml;q=0.9,image/webp,image/apng,*/*;q=0.8,application/signed-exchange;v=b3;q=0.9"}

    KO_list = ko_dict[ko_ID]

    KO_str = '%0D'.join(KO_list)

    data = "selection=" + KO_str + "&default_opacity=1&default_width=3&default_radius=7&default_color=%23aaaaaa&background_color=%23ffffff&tax_filter=&map=metabolic&export_type=svg&export_dpi=120"

    outfile = os.path.join(ipath_result_dir,ko_ID+".html")

    r = requests.post(url,data,headers)

    r_xml = r.text

    f = open(outfile,'w')

    f.write(r_xml)

    f.close()

KEGG Weblink：

根据参考链接格式批量生成即可。如果需要自定义颜色没客源写个脚本生成链接，类似上面的方法访问并下载页面。