ftp路径：ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/
用户名：gsapubftp-anonymous
密码：为空
目录清单如下图：
image.png
在教程1：http://www.360doc.com/content/22/0609/14/79853805_1035305810.shtml
在使用 gatk FilterVariantTranches 命令过滤时使用的dbsnp_138.hg19.vcf.gz 和1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf.gz都在这里的hg19里面。
image.png
这里的hg18/hg19/hg38，大家可自行查询相关版本信息。
gatk FilterVariantTranches -V $vcf_annot \
--resource dbsnp_138.hg19.vcf.gz \
--resource 1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf.gz \
--info-key CNN_1D \
--snp-tranche 99.9 --snp-tranche 99.0 --snp-tranche 95.0 \
--indel-tranche 99.9 --indel-tranche 99.0 --indel-tranche 95.0 \
-O filtered.vcf
在Linux环境下断点续传下载目录：
nohup wget -c -r ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/
如果只下载hg19，那么就调整为
nohup wget -c -r ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/hg19
