gatk4 MarkDuplicates后出现：MATE_NOT_FOUND 或者Mate not found for paired read

gatk4 MarkDuplicates

java -jar picard.jar MarkDuplicates \
      I=input.bam \
      O=marked_duplicates.bam \
      M=marked_dup_metrics.txt

问题记录：

在此步结束之后，会有metrics.txt生成，metrics.txt中的内容讲解可见metric

gatk4 ValidateSamFile

java -jar /software/picard-tools-1/picard-tools-1.103/ValidateSamFile.jar

问题记录：

在检验831panel中的去重之后的BAM文件时出现以下错误：（mode为VERBOSE）

注：用FixMateInformation对去重之后的BAM进行修正后，依然出现这种问题。

image.png

后又用SUMMARY模式重新跑，看到以下结果：

image.png

嗯，有27876个read 丢失了meta。但是去重的前一步验证BAM时是一切正常的，然后查看了MarkDuplicates的metrics文件，发现以下结果：

image.png

原因找到了，因为这27876个read被标记过滤了。所以，是因为，这么多read被过滤了，留下的bam中就有这么多的read找不到他们的meta了。

unpaired read可以这么理解：which did not have a mapped mate pair, either because the read is unpaired, or the read is paired to an unmapped mate.所以这里出现的应该是第二种可能： the read is paired to an unmapped mate。

image.png