利用orthofinder分析基因家族后，可以获得genetree和speciestree 结果。我们可以利用R包来可视化基因树和物种数，并对其进行简单的编辑。

1.下载安装包

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("treeio", version = "3.8")

2.加载安装包

library('ggtree')
library('treeio')

3.读取上一步orthofinder获取的SpeciesTree数据

tree <- read.tree('SpeciesTree_rooted.txt')

转化为图形

tree$tip.lable<- gsub('_repr','',tree$tip.label)

tree$tip.lable<- gsub('(^[A-Z])','\\l.',tree$tip.label)

ggplot(tree,aes(x,y)) + geom_tree() + theme_tree() + geom_tiplab(size=3)

更多的美化处理工作可以参考博文《在R中绘制进化树：ggtree学习笔记》。
链接为http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=255662&do=blog&id=969228