1.X轴选择FSC-A，Y轴选择SSC-A。分析凋亡的细胞选择上图所示的细胞群体进行分析。细胞碎片不予分析。
2.在SSC/FSC图中双击“分析的细胞群体”，X轴选择FITC,用来表示AnnexinV-FITC。Y轴选择PE-Texas,用来表示PI。用四分门设门工具界定活细胞和凋亡细胞。
Q1(UL)：(AnnexinV-FITC)-/PI+，此区域的细胞为坏死细胞。也可能有少数的晚期凋亡细胞在其中，甚至机械损伤的细胞也包含其中。
Q2(UR): (AnnexinV+FITC)+/PI+，此区域的细胞为晚期凋亡细胞。
Q3(LR)：(AnnexinV-FITC)+/PI-，此区域的细胞为早期凋亡细胞。
Q4(LL)：(AnnexinV-FITC)-/PI-，此区域的细胞为活细胞。
通常统计细胞凋亡率时采用Q2+Q3，晚期凋亡＋早期凋亡群(即所有AnnexinV阳性群)。
细胞周期由G1期、S期、G2期和M期组成。细胞在G1期完成必要的生长和物质准备，在S期完成染色体DNA的复制，在G2期进行必要的检查和修复，以保证DNA复制的准确性。在M期完成遗传到子细胞中的均等分配，使细胞进行分裂。
细胞周期检测中PI最为常用。PI为插入性核酸荧光染料，能选择性的嵌入核酸DNA和RNA双链螺旋的碱基之间与之结合，其结合的量与DNA的含量成正比例关系，用流式细胞仪进行分析，就可以得到细胞周期各个阶段的DNA分布状态，从而计算出各个期的百分含量。
