已经有的结论：
1.我已经分别计算出了部分个体建立配对后预测ROH相交区域产生后代的基因型并计算预测后代基因型能否进一步生成ROH（即计算了亲代ROH的固定和消除）。因为亲代中在计算ROH时会有固定数量的杂合子误差，我们别取了两个极端状况，即所有的杂合子在下一代均会形成纯合子0/0或者1/1，或者杂合子在下一代中均会形成杂合子0/1，这两种情况对预测后代ROH生成的影响。结果显示影响差异很小。但是我没有用图来证明这种小差异；
2.我已经得到了，根据配对相交区域产生的预测后代的ROH，分别计算了亲代ROH的固定和消除比例，比例体现在ROH固定和消除的数量占比，以及ROH固定和消除的基因组长度占比。我发现数量和长度占比之间相关性非常强，R2值为99%，这不能说明什么问题。这个相关性没什么意义，比如说一个预测后代它有60%数量的ROH固定了，那么固定的总长度肯定更长。这毫无疑问。但是我同样想到了一个点去进行不同预测后代的ROH数量和长度的比对。
3.不同配对的ROH的相交ROH区域总长度不同，因此产生了一个问题，我该怎么用我得到的预测后代的长度和数量数据去分析问题，判断这些配对方案的好坏。
根据我有的结论我要去解决哪些问题。
1.我要用图来证明已有结论中0/0和0/1的数据差异很小。在两种极端状态下，我的分析没什么变化，所以我可以选择任意一种极端状态就能反应相对真实的情况。
2.我开始以为亲代ROH的交集没有下一代保留和消除的说法，但通过分析我发现了这两种情况，我本来想着要去计算预测后代ROH的消除和保留的比例，但是消除是本身一定会进行消除的，只是我们之前没有客观的认识消除的概念。所以我们要计算ROH在后代中的体现，就应该将ROH的消除从亲代ROH的交集中删除，只保留ROH的保留。我们可以直接计算预测后代中ROH的保留长度占整个基因组的比例。这个值可以作为一个评估指标。
我同时想对这个长度指标进一步展开，我进一步追求的目标是更多更短的ROH，比如说，当两种配对方案共有ROH保留的长度占基因组的比例相同时，那么我可能会加上数量指标。因为相同长度下，ROH数量越多，那么对应的单个ROH的数量肯定越短。我们不期望基因组中有更多长的ROH，所以这种数量多的短ROH是我们追求的目标。
3.我要建立一种ROH前端分析和后端分析制定配对方案的流程。首先我为个体制定配对方案的时候我应该评估个体之间的亲缘系数，找到亲缘系数较远的配对方案，然后再评估个体之间的杂合度，找到杂合程度高的配对选择（打分），在进一步评估个体的近交系数（打分），然后再对ROH进行细化，这就要将配对之间共有的ROH筛选出来，然后评估后代中ROH可能得保留情况（这就是那个保留ROH在基因组中的占比），有了这个占比以后，我还能再进一步得到这些保留的ROH的数量和长度情况，我们追求的是单个ROH更短，数量多无所谓。将每一步建立一个打分机制，最终汇总得分，那么就能找到最优的配对方案。这是利用ROH进行配对方案制定的初步完整流程。
