使用tb-RDA中的一点疑问

想展示OTU和环境或样本的关系,但原始OTUs数目特别多,怎么办?
先做差异分析,差异分析完在做RDA,但每个样本差异OTU计数值总和不一,而不像原始总体几乎一致,如果拿这样的数据去做微生物环境因子关联,就会出现明明是与一个环境高度协调的OTU,RDA图会做出来与此环境无关联,如图:


1.png

其实这完全是差异OTU计数和全部OTU计数和不一致所导致,
假设两个总体和都是10000,但差异OTU之和一个为1000,一个为2000,而OTU1在两个样本中表达量分别为500和1000,如下图:


2.png

很容易看出其实OTU1在环境1和环境2中是有变化的,分别占总体的0.05和0.1,但是一旦切换到差异部分,很容易看出二者所占差异部分和的比例是一样的,都是0.5,由此做出的RDA图会带来错误的认知,即OTU1在环境改变时丰度没有改变,这是错误的,记在这里加深印象
正确的打开方式应该是这样的:
3.png

很明显,图二是正确的,因为本身就是拿差异OTU做的
正确的方式是先加载原始OTU计数表格,数据转换(hellinger转换或是相对丰度转换)完毕再filter一下得到差异OTU矩阵(差异OTU名称由差异分析获得),之后做出的图应该就是正确的了

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