论文
MiDAS 4: A global catalogue of full-length 16S rRNA gene sequences and taxonomy for studies of bacterial communities in wastewater treatment plants
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7
数据链接
https://figshare.com/articles/dataset/Dueholm2021a_data_zip/16566408/1
代码链接
https://github.com/msdueholm/MiDAS4
今天的推文重复一下论文中的Figure4a
image.png
论文中没有直接提供这个作图数据，需要运行一系列代码获得，这里我不介绍前面获取作图数据的代码了，感兴趣的可以自己去找来代码试试，如果运行的话需要比较大的内存
作图数据部分截图
image.png
读取数据
library(ggrepel)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(ggtext)
library(ggrepel)
gV134<-read_csv("fig4a.csv")
作图代码
p <- ggplot(gV134,
aes_string(x = "V13_mean_abundance",
y= "V4_mean_abundance",
fill="Bias"),
color="black") +
geom_point(size = 2,shape=21) +
geom_abline(size = 0.5) +
geom_text_repel(data =
filter(gV134,
gV134$FC>1 & gV134$V4_mean_abundance>0.1),
aes(label = Genus),
#vjust = 1.5,
colour="grey30") +
geom_text_repel(data =
filter(gV134,
gV134$FC<(-1) & gV134$V13_mean_abundance>0.1),
aes(label = Genus),
#vjust = 1.5,
colour="grey30") +
xlab("Mean V13 amplicon genus read abundance (%)") +
ylab("Mean V4 amplicon genus read abundance (%)") +
scale_x_log10(limits=c(0.001,2)) +
scale_y_log10(limits=c(0.001,2)) +
theme_bw() +
theme(legend.position = "none",
plot.title = element_markdown())+
scale_fill_manual(values = c('Equally detected'="#898989",
'More abundant with V1-V3'="#2a7cb6",
'More abundant with V4'="#d41b21"))+
labs(title="352 genera equally abundant <span style = 'color:#898989;'>(gray)</span><br/>
112 genera more abundant with V4 <span style = 'color:#d41b21;'>(red)</span><br/>
111 genera more abundant with V1-V3 <span style = 'color:#2a7cb6;'>(blue)</span>")
p
image.png
这里遇到的问题是添加的文本标签有点多，彼此之间会有重叠，使用ggrepel这个R包也调节不出比较好的效果，只能出图后再编辑图片了
这里标题的文本只有一部分添加了颜色，可以借助ggtext这个R包的markdown语法实现
示例数据和代码可以自己到论文中下载
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