RBPs 研究策略

        RBPs：RNA结合蛋白，是一类伴随RNA调控代谢过程，与RNA结合的蛋白组的总称。RBPs伴随RNA生命周期始终。可以毫不夸张的说，没有RBPs，RNA寸步难行。其主要作用是介导RNA的加工成熟、转运定位、可变剪切、翻译、修饰；一个RBP可能存在多个靶标RNA，且其表达缺陷会造成多种疾病。因此，研究RBP和RNA之间的相互作用是探索RNA功能的关键。

        以蛋白为核心研究相互作用的RNA分子是常见的研究RNA和蛋白相互作用的思路，并且已有很多技术应用在这一研究领域，例如RIP(RNA immunoprecipitation)技术、CLIP(cross-linking and immunoprecipitation)及其各种衍生技术(HiTS-CLIP，PAR-CLIP，iCLIP，eCLIP等)。

        目前，RIP技术是最常见的基于细胞研究RNA-蛋白相互作用的技术，通过特异性抗体（IP级别）或者标签抗体，获取细胞内和靶蛋白相互作用的RNA，并结合NGS在全转录组范围内筛选与特定RBP相互作用的RNAs，亦可开展qPCR实验对预期结合的靶基因进行验证。另一方面，以RNA为核心研究相互作用的蛋白亦是常见研究RBP的思路，通常可围绕RNA pull down技术、Chirp技术对结合于RNA上的蛋白进行孵育，洗脱，进而结合质谱分析筛选与特定RNA相互作用的蛋白，亦或通过WB技术对预期蛋白进行验证。

        RNA pull down技术是最常见基于细胞研究蛋白-RNA相互作用的技术，通过体外转录获取兴趣RNA，标记生物素，和细胞裂解液孵育获取生物素RNA-蛋白复合物，对洗脱下的蛋白进行质谱筛选，或者通过WB技术对预期结合的蛋白进行验证。

案例分析

        在结直肠癌中，METTL3通过m6a - igf2bp2依赖机制促进肿瘤进展

        临床方面：METTL3在结直肠癌中高表达，和不良预后相关。图1

        功能方面：干扰METTL3抑制肿瘤进程（体外+体内）图2、图3

        机制方面：METTL3影响SOX2 mRNA的m6A甲基化水平，且是IGF2BP2依赖的方式影响其m6A甲基化。图4

        参考文献：Li T, Hu P S, Zuo Z, et al. METTL3 facilitates tumor progression via an m 6 A-IGF2BP2-dependent mechanism in colorectal carcinoma[J]. Molecular cancer, 2019, 18(1): 112.

        我们的优势：

        经过多年项目经验的积累，我们可以

        1.高效率从RNAseq数据及参考文献中获取和疾病相关RBPs的筛选，进一步通过CLIPseq数据库筛选，获取RBPs调控的潜在靶基因，为您研究RBPs的提升效率。

        2.根据不同研究方向，规划不同研究策略，熟练把控核心技术RIP、RNA pull down技术各环节风险点，推荐最合理的研究方法，减少不必要的花费。

        3.整体把控课题走向，通过成本低周期快的前期研究，配搭合适的研究方法，提升RBPs研究的效率，减少不必要的弯路。

        RBPs研究套路：

        RBPs的筛选及验证———NGS，数据库挖掘，生信类文章；配合临床样本验证，进行临床相关性分析。

        RBPs的功能研究———基于Crispr cas9、Crispr dcas9、碱基编辑器的基因编辑技术，开展细胞学功能如增殖、凋亡、周期、侵袭迁移、血管形成、药物敏感性等，动物实验如裸鼠成瘤、疾病模型、药物处理等。

        RBPs调控机制探索———RBPs的表达、定位、修饰、转移，RBPs调控底物筛选验证，RBPs的binding site，RBPs与其他大分子的相互作用等。

         我们的优势：

        1.筛选RBP-靶基因从无需高风险测序项目出发，基于现有数据库数据，实现高效率、零风险预测；

        2.熟练整合常规细胞、分子、免疫学技术，高通量筛选亦或低通量验证RBP及其靶基因的功能，其调控分子机制的整体解决方案。

        3.整体把控课题走向，熟悉掌握涉及技术的风险点，配搭合适的研究方法，提升研究效率， 减少不必要的弯路。