关于10X 公司3‘和5’基因表达文库的差异，官方给出的解释如下：
这两者很相似，但在最终的文库中，捕获的是不同的多聚腺苷酸化转录本末端。两种方案都使用了polydT引物用于反转录，但在3‘方案中polydT序列位于凝胶珠oligo上，而在5‘方案中polydT则作为反转录的引物。在这两种方案中，都用到了一种模板转换引物（template switching oligo,TSO）,目的是为了反转录全长转录本。
经过cDNA扩增后，分子在偏好300-400bp长度片段的条件下被随机片段化。片段化后，只有同时包含10X Barcode和Illumina Read 2的接头（它们在片段化后被连接于cDNAs上）的那些转录本，才会在Sample Index PCR过程中被扩增。因此，在最终的文库中，或者体现为3‘末端的转录本（因10X Barcode邻近转录本3‘末端的polyA尾）,或者体现为5‘末端的转录本（因10X Barcode邻近转录本5’末端和TSO）。
下列示意图比较了两种方案的文库构建。请注意不同的单细胞3‘试剂盒版本（V2和V3）其文库构建是类似的，但V3的UMI更长。所需的测序循环数亦有不同。
单细胞3‘V3 基因表达文库：
单细胞3‘ V2基因表达文库：
单细胞5‘ 基因表达文库：
