LnCeCell (http://www.bio-bigdata.net/LnCeCell/ or http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LnCeCell/)
本内容为【科研私家菜】生信数据库系列课程
R小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库
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今天R小盐介绍的数据库是LnCeCell
01 LnCeCell数据库
LnCeCell数据库是哈尔滨医科大学李霞教授团队开发，重点关注单细胞lncRNA和ceRNA分析。
LnCeCell数据库一共涵盖了94555个细胞，9036个生物标志物，93307个ceRNA。
LnCeCell对25种癌症的数千种细胞的细胞特异性ceRNA调控的整理，包含：
超过9000个实验支持的肿瘤转移、复发、预后、循环和耐药性的lncRNA生物标志物；原发性、恶性和转移性癌细胞和免疫细胞的细胞特异性ceRNA网络；从文献和相关数据源手工输入的ceRNA亚细胞位置的详细信息；表现出血管生成、凋亡、细胞周期、侵袭、增殖和干性等不同行为的不同细胞群集群。
LnCeCell数据库提供超便捷、超颜值的搜索和浏览界面和一系列灵活的工具，方便数据的检索和分析，包含：在不同细胞群中发现的ceRNAs的全局图、ceRNAs的亚细胞位置、可视化单个细胞中失调的ceRNA网络、查看每个细胞的功能状态、识别ceRNA的失调功能、识别ceRNA的癌症Hallmark、进行Cox回归分析、绘制ceRNAs的生存曲线。
该数据库提供的7个用于分析的工具。包括Cell MAP，Cell Location，Cell Network，Cell State，CeRNA-Function，CeRNA-Hallmark，CeRNA-Survial。
02 LnCeCell
LnCeCell数据库发表在核酸研究上。
李霞教授团队开发了很多生信分析的数据库，比如CellMarker、CancerSEA、Lnc2meth、lincSNP3.0、MSDD、lnc2Cancer2.0、miRSponge、LnCeVar、LncACTdb等知名的数据库
数据库引用：
[图片上传失败...(image-aa4151-1648612177404)]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33219686/)
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