- 压缩fa或者fq成gtz格式
gtz ${fa}
- 压缩sam
samtools sort -@ 4 -O BAM -o ${input%sam}sorted.bam ${input}
- 压缩vcf
bgzip ${vcf} && tabix -p vcf ${vcf}.gz
- 压缩其他文件
gzip *table #some file
- 删除含有大量小文件的文件夹
#建立一个空文件夹
mkdir -p ~/.clean
#删除大文件夹
rsync --delete-before -d -a -H -v --progress --stats ~/.clean/ ${dir}
- 对于完成的、不常用的项目，整体打包
tar -zcvf ${dir}.tar.gz ${dir}
- 删除临时文件，例如：
- rsem, star, GATK等生成的临时文件
- 自己生成的临时文件
