• 压缩fa或者fq成gtz格式

gtz ${fa} 

• 压缩sam

samtools sort -@ 4 -O BAM -o ${input%sam}sorted.bam ${input}

• 压缩vcf

bgzip ${vcf} && tabix -p vcf ${vcf}.gz

• 压缩其他文件

gzip *table #some file

• 删除含有大量小文件的文件夹

#建立一个空文件夹
mkdir -p ~/.clean
#删除大文件夹
rsync --delete-before -d -a -H -v --progress --stats ~/.clean/ ${dir}

• 对于完成的、不常用的项目，整体打包

tar -zcvf ${dir}.tar.gz ${dir}

• 删除临时文件，例如：

1. rsem, star, GATK等生成的临时文件
2. 自己生成的临时文件