软件
1.JCVI
2.NGenomeSyn
3.synvisio在线工具：链接 https://synvisio.github.io/ （仅记录）
4.TBtools：https://github.com/CJ-Chen/TBtools 。安装One Step MCScanX-Super Fast插件或者One Step MCScanX
5.GENESPACE：https://github.com/jtlovell/GENESPACE
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1.JCVI
1).下载地址：
JCVI就是python版本的McscanX：https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version).
2)安装软件（我的conda可能那里没处理好，只能先创建环境，再安装）：
conda create -n jcvi
conda activate jcvi
conda install jcvi
conda install last
一般的操作参考：好姐妹的分享即可，https://www.jianshu.com/p/f15580c8f24c
4).高亮的表示方法（染色体id少于5个，软件默认不显示id，即使指定展示id）
(1)除了可以在collinearity.anchors.simple前加上r*,b*,g*,y*，结果是高亮block，还可以选择RGB颜色https://www.sojson.com/rgb.html。例如：
#2A77AC*Bdi06G002880 Bdi06G003840 gene-LOC100123714 gene-LOC100123909 84 +
#2A77AC*Bdi06G006030 Bdi06G006610 gene-LOC100117357 gene-LOC100680538 51 +
(2)如果只想画1一对1的形式，高亮共线性基因对，即是1，2列相同，3，4列相同，可以自己多造任意对：
#2A77AC*Bdi06G002880 Bdi06G002880 gene-LOC100123714 gene-LOC100123714 84 +
5).修改染色体id和字体大小。
具体的脚本位置:/share/nas1/pengzw/software/anaconda3/2023.09/envs/jcvi/lib/python3.10/site-packages/jcvi/graphics/karyotype.py
企业微信截图_16993513073608.png
2.NGenomeSyn
1)下载地址：
https://github.com/hewm2008/NGenomeSyn
/share/nas1/pengzw/software/NGenomeSyn-1.41/bin/NGenomeSyn -InConf in2.conf -OutPut LsL46_LsSal_LsAng.NGenomeSyn
3.synvisio
参考这个即可：https://www.jianshu.com/p/9325cc9bb848
4.TBtools
5.GENESPACE
参考：
- https://www.jianshu.com/p/538e2e19a3dc
- http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg3MzQzNTYzMw==&mid=2247505000&idx=1&sn=9f603dd29c57df87ff5ef94eacb1d789&chksm=cee28cf6f99505e03acd41f3501490469c2fc57a7910d24ebbf51a54ebc045f6d1ee0dce2ea9&mpshare=1&scene=24&srcid=1227oboudHpGGgVpJFFwBhYN&sharer_shareinfo=381c1eabb919838e137079273472f807&sharer_shareinfo_first=381c1eabb919838e137079273472f807#rd
