Linux环境下的软件安装
学习内容
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Day3 linux环境下的软件安装.png
在服务器上下载miniconda
百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）
查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
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查看服务器位数
安装最新版本（latest）
----复制下载链接【sh结尾的，sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本】
新建并进入biosoft目录（输入时可以试试自动补全功能，键盘上的Q前面那个Tab键，你在home目录下，打出cd b，按Tab就可以自动补齐。失败可以跳过...）
cd ~/biosoft
wget 刚才复制的下载链接
之后开始安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
【注意看下图的操作，程序让你enter就enter，让你yes就yes】
当你看到一行
Do you accept the license terms? [yes|no]说明安装要开始了然后就开始了安装过程，中间会出现很多的版权信息，按回车跳过它们
安装成功的标志
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安装成功
之后必须激活
source ~/.bashrc来激活conda
检验是否成功激活
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
添加镜像
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
开始使用conda
查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
安装软件
conda install fastqc -y
（-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）
<默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y>
此处我尝试不加-y，会在中途出现以下询问情况
确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功
卸载软件
conda remove fastqc -y
查看当前conda有哪些环境
conda info --envs能看到目前就一个conda环境（base）
新建环境
比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建完后，再次查看conda环境
conda info --envs
看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base
激活新的conda环境
conda activate rna-seq
这时默认的*就会转移到rna-seq前面；
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（这些只是帮助信息，并无实际对象，此操作仅用于确认激活成功）
退出当前环境
conda deactivate可以看到前面括号里的变回了base
补充
软件安装
1.软件安装：conda install 软件名称(ex.cutadapt)
2.软件更新：conda update 软件名称（若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc）
3.安装特定版本软件：ex. conda install bwa=0.7.12
4.软件卸载：conda remove 软件名
conda卸载
1.rm -rf ~/miniconda3
2.环境变量中去掉conda，vi ~/bash_profile删除conda路径，退出保存
【小技巧：vim 中移动光标比如到第9行，使用dd就可以快速删除整行】
3.删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件
结束
今日惨痛教训：一定要仔细，别再安装错了（是miniconda而不是anaconda）
