2020.08.02

linux内软件下载

linux内的软件管家叫conda

本次我们使用的是miniconda，首先我们要在linux上下载安装并激活miniconda

下载miniconda

1. google搜索“miniconda 清华”，进去后找到相应的版本（linux-64位的最新版本），右键复制下载链接；
2. linux内输入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh(wget 可以理解为web get的意思)，清华镜像亲测速度很快，等下载进度完成即可。

安装miniconda

linux内输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，后面问题enter键或回答yes即可。

激活miniconda

1. 使用前需要激活，否则可能无法正常使用。方法为linux内输入source ~/.bashrc来激活；
2. 检查是否激活成功，linux内输入conda，出现满屏信息没有报错则说明激活成功了。

利用conda来下载我们需要的生信软件

1. 首先我们要添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

2. 一些基本操作（以fastqc这一款软件为例进行查看/下载安装/卸载）
   • 查看软件列表conda list
   • 搜索软件conda search fastqc
   • 下载软件conda install fastqc -y
   • 下载软件的指定版本conda install fastqc=0.11.7 -y（等号后面接的是版本号）
   • 卸载软件 conda remove fastqc -y

conda环境分身

因为不同的项目可能需要不同的软件版本，所以同一个服务器内就需要设置分身，安装不同的软件，使其互不影响。

• 查看目前有哪些conda环境conda info --envs
• 建立conda环境分身conda create -n rna-seq（建立了一个名为rna-seq的分身）
• 激活conda环境分身conda activate rna-seq（当语句开头出现（rna-seq）而不是（base）时，说明激活成功）
• 退出conda环境分身conda deactivate