TMHMM是用于识别蛋白跨膜结构区域的软件，有在线工具TMHMM 2.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services
，也可安装到linux服务器上。
1.下载安装
点开在线网站，可找到Downloads模块，点击找到linux版本。
填写相关信息申请提交后，邮箱会收到一个有时间限制的下载链接，打开链接将tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz文件下载到服务器上。
tar -zxvf tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz 对其解压
cd tmhmm-2.0c/
tmhmm -h 查看是否安装成功。
2.conda 安装
Tmhmm | Anaconda.org
conda install predector::tmhmm
这里运行完并不算成功安装，运行tmhmm -h 也会提示未完全安装。
tmhmm 2.0c has not been installed yet.
Due to license restrictions, this recipe cannot distribute tmhmm directly.
Please download tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz from:
https://services.healthtech.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/9-Downloads.php#
and run the following command to complete the installation:
$ tmhmm2-register tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz
还需要把tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz下载下来，运行tmhmm2-register tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz 后才算完全安装。运行完成后会提示：
Unregistering old source files if they exist.
patching file bin/tmhmm
Finished registering tmhmm.
Testing installation...
Test succeeded.
tmhmm is now full installed!
才算安装成功了。
3.运行使用
tmhmm --short < Trinity.fasta.transdecoder.pep > tmhmm.out
查看结果：less tmhmm.out
TRINITY_DN0_c0_g1_i1.p1 len=191 ExpAA=42.80 First60=0.02 PredHel=0 Topology=o
TRINITY_DN0_c0_g1_i2.p1 len=191 ExpAA=42.80 First60=0.02 PredHel=0 Topology=o
TRINITY_DN0_c0_g2_i1.p1 len=190 ExpAA=28.76 First60=0.08 PredHel=1 Topology=o163-180i
TRINITY_DN0_c0_g2_i2.p1 len=190 ExpAA=28.76 First60=0.08 PredHel=1 Topology=o163-180i
TRINITY_DN0_c0_g2_i3.p1 len=190 ExpAA=28.76 First60=0.08 PredHel=1 Topology=o163-180i
4.总结
这个软件还算好安装，个人建议用conda来安装，使用起来也方便，第一种方法安装，需要注意路径的问题，检查bashrc中是否有其路径，保证软件正常的运行。
