作者，Evil Genius
我们今天要实现的目标是，依据细胞邻域的不同进行细胞类型的分层聚类。
我们在分析高精度平台的时候，通过基础分析，会拿到聚类结果，经过注释之后，会获得细胞身份，那么下一步要做的，通常就是同一细胞类型的异质性问题,也就是再分群，比如T细胞，再分群分成了5个群，每个群都有其不同的位置和功能。
从空间的角度来看，为了分析细胞亚群，有两种做法， 一种类似单细胞，对同一细胞类型直接进行再分群，本质上是细胞类型内部基因表达上有差异，但是在空间上运用场景有限制，必须是高通量平台才可以，比如Stereo-seq、HD、5000+panel的Xenium等（这里说的基础分析需要做图像分割，得到单细胞级别的空间矩阵），但是对于低panel的不适用。
第二种，也就是今天我们的重点，也是高精度平台普遍适用的方法，依据邻域再分群（也被称为分层分析），比如T细胞分亚群，不是根据T细胞的表达差异，而是T细胞所处环境的差异。这里也包括两种情况，高通量平台可以依据分子邻域或者细胞邻域再分群，低panel可以依据细胞邻域再分群。
