SRA工具包文档
SRA工具包安装和配置指南
受保护的数据使用指南
常用工具:
fastq-dump:将SRA数据转换为fastq格式
prefetch:允许命令行下载SRA,dbGaP和ADSP数据
sam-dump:将SRA数据转换为sam格式
sra-pileup:将比对好的SRA数据生成堆积统计信息
vdb-config:显示和修改VDB配置信息
vdb-decrypt:解密非SRA dbGaP数据(“表型数据”)
其他工具:
abi-dump:将SRA数据转换为ABI格式(csfasta / qual)
illumina-dump:将SRA数据转换为Illumina本机格式(qseq等)
sff-dump:将SRA数据转换为sff格式
sra-stat:生成有关SRA数据的统计信息(质量分布等)
vdb-dump:输出SRA数据的本地VDB格式。
vdb-encrypt:加密非SRA dbGaP数据(“表型数据”)
vdb-validate:验证下载SRA数据的完整性
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