Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用
第一天
一.从蛋白质折叠到蛋白质设计
目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
1蛋白质折叠与结构预测简介
1.1主链二面角与二级结构
1.2侧链堆积与三级结构
2蛋白质设计简介
2.1蛋白质设计的分类及应用
二.Rosetta基础
三.蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础
目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
3Pose/mover/scorefunction
4LINUX入门命令
4.1 用户属组及权限目录文件属性
4.2 LINUX基础命令 环境变量
4.3 shell常用命令练习
4.4 conda介绍
四.结构扰动与结构优化
五．序列设计
PackRotamer和FastDesign
目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。
5Minmover, MC Mover, Fastrelax mover
5.1 Movemap
6RosettaScript组成和要素
6.1 Filter ResidueSelector
TaskOperation
6.2 DSSP/Disulfidize Mover
第二天
六.蛋白-蛋白对接基础
目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
7Translat和rotation mover
7.1 Low resolution的全局搜索
7.2 High resolution的精细调整
7.3 FoldTree
七.抗体设计
目标：熟悉抗体模型预处理流程,掌握RAbD常用命令
8抗体结构文件的处理
8.1 PyIgClassify
8.2 抗体抗原对接模型
8.3 CDR区优化
8.4 Framework区优化
案例实践：SSD和MSD设计任务
八. CartisenDDG 突变扫描
九. RosettaScript应用
目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。
9序列与结构设计
9.1 Input和Output flags控制输入输出
9.2 CleanAtom结构预处理
9.3 ROSETTACLASH.LOG和RosettaCommons
9.4 ResFile等辅助文件
9.5 小改中改与大改
9.6 练习答疑
案例实践：FastDesign设计任务
了解更多 请关注：第一性原理计算与应用
