材料:
1. Silva 132序列文件:
含有rep_set,taxonomy目录
2. 引物序列:
Forward: GTACTCCTACGGGAGGCAGCA
Reverse: GTGGACTACHVGGGTWTCTAAT
方法:
1. 导入序列和分类文件
qiime tools import \
> --type 'FeatureData[Sequence]' \
> --input-path SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_16S_only/99/silva_132_99_16S.fna \
> --output-path 99_otus.qza
qiime tools import \
> --type 'FeatureData[Taxonomy]' \
> --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \
> --input-path SILVA_132_QIIME_release/taxonomy/16S_only/99/taxonomy_7_levels.txt \
> --output-path ref-taxonomy.qza
2. 提取参考序列
qiime feature-classifier extract-reads \
> --i-sequences 99_otus.qza \
> --p-f-primer GTACTCCTACGGGAGGCAGCA \
> --p-r-primer GTGGACTACHVGGGTWTCTAAT \
> --p-trunc-len 0 \
> --p-min-length 100 \
> --p-max-length 400 \
> --o-reads ref-seqs.qza
3. 训练分类器
qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
> --i-reference-reads ref-seqs.qza \
> --i-reference-taxonomy ref-taxonomy.qza \
> --o-classifier ../classifier_for_677.qza