ggplot2绘制基因表达多线图

基因表达多线图

library(reshape2)

library(ggplot2)

setwd("J:/XXX/表达作图")

#导入数据

df <- read.table("L1_fpkm.matrix",header = T,sep = "\t")

初始数据结构

##修改数据格式为长数据

meltdf <- melt(df)

修改后的数据结构

#作多线图

p <- ggplot(meltdf,aes(variable, value, group=ID))+  ##规定横纵坐标和分组

  stat_smooth(method="auto", se=FALSE,colour="grey")+     ##线条设置为平滑线条

  geom_line(colour="grey",size=0.8) + ##绘制线条，颜色为灰色，宽度0.8

  ylab("L1")+ ##添加y轴坐标名

  stat_summary(aes(group=1),fun.y=mean, geom="line", size=1.2, colour="red") +    ##增加红色平均线

  theme_bw() +

  theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),

        axis.text = element_text(size=8, face = "bold"),

        strip.text = element_text(size = 8, face = "bold"),

        panel.border = element_blank(), ##设置无边框

        axis.line = element_line(colour = "black"))+ ##设置坐标轴颜色为黑色

  scale_x_discrete(expand = c(0.01,0))##设置非连续性变量横坐标起始位置靠近纵轴

ggsave("L1.pdf",plot = p) #保存图片为pdf格式

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