下载
nt库下载
官网：Index of /blast/db (nih.gov)
1、首先，直接下载db(112个 nt.xxx.tar.gz)，都下载成功后，check md5，大部分的文件都failed；原因未知，下载过程也没报错。放弃
2、于是，下载nt fasta文件
wget -c -b https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz
多次中断，多次接着下载，终于下载完成，check md5成功。
blast软件下载
直接下载linux可执行文件，方便：
Index of /blast/executables/blast+ (nih.gov)
例如：
LATEST/ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz
2.13.0/ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz
运行
建库
尝试了2种建库方式，最终采用第一种，如下：
1、常规建库（不带物种信息，即不加-taxid_map），成功；
/data/software/ncbi-blast-2.13.0+/bin/makeblastdb -in nt -dbtype nucl -out nt
坎坷过程：
看很多地方都推荐加-parse_seqids，刚开始加了，建库成功，但后面blastn比对报错“[blastn] Error pre-fetching sequence data”；（如下图）
=》各种搜索解决方案，很多人都遇到过这个错误：
重点：BLAST Database error: Error pre-fetching sequence data (biostars.org)
重点：Error: NCBI C++ Exception: Error pre-fetching sequence data (biostars.org)
[Solved] BLAST Database error: Error pre-fetching sequence data | ProgrammerAH
BLAST Database error: Error pre-fetching sequence data · Issue #164 · tseemann/abricate · GitHub
总体找到2个方案（主要参照前2个）：
1）不加-parse_seqids，但有提到如果不加这个参数，某些情况会出问题。=》经测试，blastn果然没报错了。
2）采用2.9.0+版本，可以解决。=》经重新下载测试，blastn仍报错。
2、带物种信息建库，失败；
由于想要比对结果带物种信息，所以建库时加-taxid_map（加了-taxid_map则必须加-parse_seqids）
/data/software/ncbi-blast-2.13.0+/bin/makeblastdb -in nt -input_type fasta -dbtype nucl -taxid_map nucl_gb.taxid_map -out nt_taxon -parse_seqids
经测试，blastn比对时仍报错“[blastn] Error pre-fetching sequence data”（估计仍是由于加了-parse_seqids导致），放弃。
注：diomand能携带物种信息，但只支持蛋白库。
比对
/data/software/ncbi-blast-2.13.0+/bin/blastn -query t.fa -db /data/database/NT/nt -outfmt 7 -evalue 1e-10 -out b1.out -num_threads 20
/data/software/ncbi-blast-2.13.0+/bin/blastn -query t.fa -db /data/database/NT/nt -outfmt '6 staxids qseqid sseqid pident length mismathch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs' -evalue 1e-10 -max_target_seqs 1 -out b2.out -num_threads 10
-task：默认为megablast，适合nt库比对（比对快）；若设为blastn，则比对很慢，会输出各种局部片段（设置参数比对长度可短至10bp）的比对。
-evalue：越小说明序列相似度越高，nt库比对适合1e-10。
其他
重要链接
史上最全的BLAST本地化教程（二） - 知乎 (zhihu.com)
