通过lftp命令下载GATK官网Resource bundle数据
# 如果使用GATK软件calling variation最好使用GATK官网数据
1. FTP地址
2. 下载安装lftp
GATK官网推荐使用lftp工具进行访问ftp和下载数据,如果服务器中没有lftp命令,可以提前下载安装,最好使用管理员安装。
yum -y install lftp #Redhat 系列
apt -y install ftp #Debian系列
3. lftp下载数据
# 首先lftp,后面跟用户名,然后at符号,ftp服务器地址
lftp ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle
密码是空的,直接敲回车。
这样就访问到 Broad Institute服务器了,可以使用cd ls等命令来查看数据。
# 下载单个文件 get + 文件名
get ucsc.hg19.fasta.fai.gz
# 下载多个文件
mget *.gz
# 下载目录
mirror hg19
# 退出
exit