IGV绘制寿司图(sashimi plot)

前言:

IGV(Integrative Genomics Viewer基因组浏览器)是一个将基因组学数据可视化的可交互工具,具有图形界面,高性能且易于使用。可用于展示和查看基因表达、突变、融合、甲基化、探针等多种信息的软件,是展示NGS数据和分析结果的一项重要工具。
第二代测序(Next-generation sequencing,NGS):又称为高通量测序(High-throughput sequencing),是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。
sashimi plot(音译:寿司图)是对可变剪切的一种可视化方式,类似下面这样,它可以标记处有多少跨越intron的reads,方便我们观察可变剪切,比如skip exon的reads数目的变化。


修饰过的寿司图

操作步骤

导入
输入基因名
两次OK出图
储存

可以储存为PNG和SVG的格式,SVG的可修饰程度更高,可以导入ai或者ps进行二次修改。

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