先来说说为什么会涉及到这块，再分享一下这个心路历程啊，最后才是解决方法（赶时间就直奔第三部分吧）
一、为什么会涉及到这块？
在运行BSgenomeForge包中forgeBSgenomeDataPkgFromNCBI函数的时候，一直报错啊，如下：
cannot rename file '/tmp/Rtmprdm2xy/single_sequences.2bit' to './BSgenome.Vcholerae.NCBI.ASM836960v1/inst/extdata/single_sequences.2bit', reason 'Invalid cross-device link'
大概意思就是目录A有个文件a，现在要把它移到目录B，但是呢就是'Invalid cross-device link'。
可是在命令行试了试，这两个目录都有读写权限，这是为什么呢？
ok，下面就是心路历程了
二、debug心路历程
小心思又来了，机脑现在不用何时用？把上面这段报错输进去，问它是什么原因以及如何解决，AI是这么回答的：
在 R 语言中，
file.rename()函数可能会因为尝试在不同的文件系统或者分区上移动文件而报错 "Invalid cross-device link"。这是因为rename系统调用不允许跨文件系统移动文件。以下是一些可能的解决方案：
-
使用
file.copy()和file.remove()组合：可以先复制文件到目标位置，然后删除原始文件。这种方法可以避免跨文件系统移动文件的问题。例如：
> if (file.exists(target_file)) {
+ file.remove(target_file)
+ }
+ file.copy(source_file, target_file)
+ file.remove(source_file)
这种方法在某些情况下被用作 file.rename() 的替代方案 。
检查文件系统：确保源文件和目标路径位于同一个文件系统上。如果它们位于不同的分区，你可能需要调整你的文件系统设置或选择不同的路径。
-
使用系统命令：在 R 脚本中使用系统命令
mv来移动文件。例如：system(paste("mv", shQuote(source_file), shQuote(target_file)))这种方法可以利用系统级的文件移动命令，它通常会处理跨文件系统的情况。
避免在脚本中硬编码路径：如果可能，避免在脚本中硬编码文件路径，而是使用相对路径或让用户提供路径，这样可以减少跨文件系统操作的可能性。
检查 R 版本和操作系统：有时候，特定版本的 R 或操作系统可能会有已知的 bug 或限制。确保你的 R 是最新版本，并且查看相关的 R 社区或论坛是否有相关的讨论或修复。
使用其他 R 包：有些 R 包可能提供了更健壮的文件操作功能，可以处理跨文件系统的问题。例如，
fs包提供了跨平台的文件系统操作功能。
AI就是系统啊，一个一个来吧，简单看了一下前三个，1和3差不多，都需要去找到函数的源代码，去把rename改成copy或者mv，好，应该不太难，一行一行运行就行了呗，走起：
> pkg_maintainer="pglaser@pasteur.fr"
> pkg_author = NA
> check_pkg_maintainer(pkg_maintainer)
Error in check_pkg_maintainer(pkg_maintainer) :
could not find function "check_pkg_maintainer"
第一步就给我整懵了，这个check_pkg_maintainer函数不存在，它是个啥玩意儿呢，去安装包源代码里边找吧，好了，作者给封上了，啥也看不见，这咋整？
又回头看了看AI给的第2个方案，注意到“分区”两个字，难道不能rename是因为目录A和B在不同的分区？看了一下，果真是，那，解决分区问题就是了。
三、解决方法
- 要么在A下面运行这个函数，很好办，但需要注意A盘的内存啊，我们的/tmp内存很小，所以放弃这个方法
- 要么就把临时文件改到和B同区的路径，这碗饭合胃口，那就改临时文件路径吧，走起（在R环境运行啊朋友们）
#change the tempdir() location
> tempdir <- function() "/home/x/tmp/data" # 这里引号里就写自己想要放临时文件的目录就好了
> unlockBinding("tempdir", baseenv())
> utils::assignInNamespace("tempdir", tempdir, ns="base", envir=baseenv())
> assign("tempdir", tempdir, baseenv())
> lockBinding("tempdir", baseenv())
一行一行跟着来就对了，最后再检查一下：
> tempdir ()
[1] "/home/x/tmp/data"
> tempfile()
[1] "/home/x/tmp/data/file4a111ff7ff02"
