samtools: sort

samtools sort [options] input.bam

    1. 仅可对bam文件进行排序
    1. 默认对最左侧坐标进行排序
    1. 处理后会在header中加入相应的行
    1. 默认输出格式是bam，默认输出到标准输出

options:

-n : 根据read的name进行排序，默认对最左侧坐标进行排序
-o : 设置排序后输出文件的文件名
-O : 后跟sam或bam，规定排序后输出文件的格式，默认是bam
-@ : 后跟正整数，指定分析所用线程数
-m : 后跟数字 + K/M/G，指定每个线程所使用内存量

使用一 : 对bam文件进行排序

samtools sort -o output.bam input.bam : 按默认方式排序并输出为bam

samtools sort -n -o output.bam input.bam : 按read name进行排序并输出为bam

samtools sort
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