2020-01-28 全转录组测序研究思路

全转录组测序研究思路

1.确定研究对象

对照组&处理组;健康组&疾病组;癌组织&癌旁组织……

2.应用RNA-seq获得4种RNA数据
3.筛选差异表达的mRNA,lncRNA,miRNA,circRNA
4.构建ceRNA调控网络,筛选ceRNA-mRNA调控pairs
5.QRT-PCR验证其表达量相关性
6.ceRNA调控关系验证

a. 从蛋白水平、RNA水平等验证ceRNA对靶标基因的作用;
b. 分析miRNA结合位点,ceRNA-miRNA调控关系;

7.功能验证

a. 细胞水平:细胞增殖,细胞凋亡及周期变化,肿瘤转移等;
b. 分子水平:Western Blot和免疫组化,siRNA干扰/过表达载体,免疫沉淀(IP)等;
c. 动物实验:构建动物模型,肿瘤模型;
d. 临床层面:检测动物表型及生化指标变化,术后恢复情况。

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