有很多现成的软件可以做,我使用的是gtf2bed
用法:在使用gtf2bed的时候,会出现推荐使用convert2bed 命令,具体用法如下:
convert2bed -i fileformat < filename.gff3 >filename.bed (需要保留< > 符号)
真实命令:
convert2bed -i gff < IWGSC_v1.1_HC_20170706.sorted.gff3 > IWGSC_v1.1_HC_20170706_part_gff2bed.sorted.bed
最后生成的bed如下:
chr1A 40097 40731 TraesCS1A02G000100.1.exon1 . - IWGSC_201706 exon . ID=TraesCS1A02G000100.1.exon1;Parent=TraesCS1A02G000100.1