EGGNOG-MAPPER批量注释
其实使用的是一个for循环进行处理的思路，实际上还可以用并行的方式
法一：for循环的思路
- 好处：不需要手动完成
- 缺点：无法并行，任务中断会导致批处理任务失败
###这一步是同源搜索bash版本
for f in *.faa; do
./emapper.py -m diamond --cpu 10 -i $f -o $f --output_dir data_direct;
done
# data_direct 是放输出文件的文件夹
#如果想要看看命令行有没有错误可以在emapper.py前加 echo命令
##功能注释
emapper.py \
--annotate_hits_table input.emapper.seed_orthologs \
--no_file_comments \
-o output_file \
--cpu 10
法二： 并行的思路
- 好处： 可以并行处理
- 坏处：处理大文件的时候会导致资源紧缺（节点卡顿），自定义名字有一点点麻烦
ls *.faa | xargs -I {} bash -c '
# 提取文件的前缀部分并添加 ".tsv" 作为后缀
f={};
# 运行 emapper.py 命令，使用构建的输出文件名
./emapper.py \
-m diamond
--cpu 10 \
-i $f \
-o ${f%.faa}.tsv \
--output_dir data_direct
'
- 以上为今天使用的Eggnog-mapper的记录
- 下面是报错记录
- 遇到的问题
报错一
diamond版本不兼容，版本在0.8.3.8左右的才可以，可以到diamond的github地址下载以前版本的diamond 将文件覆盖到eggnog-mapper
目录下的bin里
http://github.com/bbuchfink/diamond/releases
报错二
./download_eggnog_data.py bact arch
/data/eggnog/eggnog-mapper/bin/diamond /data/eggnog/eggnog-mapper usage: download_eggnog_data.py [-h] [-D] [-y] [-f] [-s] [-q] [--data_dir] download_eggnog_data.py: error: unrecognized arguments: bact arch
If I run the above without the bact and arch arguments, it does download the annotation and diamond databases.
Had the same problem. It works if you instead of the development version download the latest release: wget https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/archive/1.0.3.tar.gz
参考
