ggcor绘制相关性热图

不久前收到小伙伴的这样一张图,感觉与corrplot(https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html)有相同之处,但是如何绘制左边的线却是无从下手,但作为一个不会轻易放弃的人怎会就此罢休,于是就有了下面的事情;

heatmap.png

1. 检索图片

通过google以图搜图的方法,得到了一个叫ggcor的包


plot1.png

有了工具那就好办了,直接安装R包参考作者教程这是我一贯的套路

2. R包安装

R包一般有2个版本;CRAN官方版与github开发版
R包的安装方法如下所示

install.packages("ggplot2")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")

library("BiocManager")
BiocManager::install("ggplot2")
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

通常一个R包怎么安装作者都会给出安装方法,所以还是参考作者的文档稳妥

3. 提高资料检索技能

问题说到这就显得很简单了,直接安装ggcor包参考教程就能完美出图,听起来很nice但是由于某些因素作者已经删除了源代码只有文档没有工具了,那接下来就是考验资料搜集能力的时刻了,以ggcor R github为关键词进行检索立刻找到源代码完美解决问题。

install.packages("devtools")
devtools::install_github("zlabx/ggcor")
library(tidyverse)
library(ggcor)
data("varechem", package = "vegan")
data("varespec", package = "vegan")

mantel <- mantel_test(varespec, varechem,
                      spec.select = list(Spec01 = 1:7,
                                         Spec02 = 8:18,
                                         Spec03 = 19:37,
                                         Spec04 = 38:44)) %>% 
  mutate(rd = cut(r, breaks = c(-Inf, 0.2, 0.4, Inf),
                  labels = c("< 0.2", "0.2 - 0.4", ">= 0.4")),
         pd = cut(p.value, breaks = c(-Inf, 0.01, 0.05, Inf),
                  labels = c("< 0.01", "0.01 - 0.05", ">= 0.05")))

quickcor(varechem, type = "upper") +
  geom_square() +
  anno_link(aes(colour = pd, size = rd), data = mantel) +
  scale_size_manual(values = c(0.5, 1, 2))+
  guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r",
                             order = 2),
         colour = guide_legend(title = "Mantel's p", 
                               order = 1),
         fill = guide_colorbar(title = "Pearson's r", order = 3))
heatmap.png

其实我们大多数人本质都是拿来主义,区别就在于是你拿来给他人看,还是看他人如何拿来,因此问题的本质还是靠你强大的资料检索能力,可以参考https://www.jianshu.com/p/07593b4ff534来改进工具稍微提高一下资料检索能力

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 213,928评论 6 493
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 91,192评论 3 387
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 159,468评论 0 349
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 57,186评论 1 286
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 66,295评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 50,374评论 1 292
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,403评论 3 412
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,186评论 0 269
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,610评论 1 306
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,906评论 2 328
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,075评论 1 341
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,755评论 4 337
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,393评论 3 320
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,079评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,313评论 1 267
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,934评论 2 365
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,963评论 2 351

推荐阅读更多精彩内容