Volume 41, Issue 3, March 2024
https://academic.oup.com/mbe/issue/41/3
这次只有前面几个文章感觉有点兴趣
Biogeographic Perspectives on Human Genetic Diversification
Tábita Hünemeier
Molecular Biology and Evolution, Volume 41, Issue 3, March 2024, msae029, https://doi.org/10.1093/molbev/msae029
前言: 人类种群根据其起源的地理大陆在基因上有所不同（Mallick 等人，2016 年;Bergström 等人，2020 年）。这种多样性还包括文化和语言方面，这是由于这些不同人群在大约 300,000 年前开始的人类大扩张过程中的扩张和多样化（Henn 等人，2012 年）造成的。关于我们物种出现的传统观点指出，一个单一的智人种群起源于非洲大陆，可能在非洲的东部或南部地区。然而，将这一观点与在非洲其他地区发现的新证据相协调是具有挑战性的，例如摩洛哥 Jebel Irhoud 的化石（Hublin 等人，2017 年）。一个基于当今人群完整基因组的模型表明，最初的人类人口在 120,000 到 135,000 年前分裂。在这个模型中，两个或多个遗传分化的祖先智人种群将混合数十万年，由于强烈的基因流动，产生了遗传多样化且结构薄弱的非洲祖先种群（Ragsdale 等人，2023 年）。这个古老的弱结构模型阐明了以前被认为源于非洲古人类贡献的多态性模式。
此外，其他研究表明，前非洲 H. sapiens 种群和 “幽灵” 种群之间存在混合事件（Lorente-Galdos 等人，2019 年;Durvasula 和 Sankararaman 2020），这些未采样的人群对人类物种的遗传贡献很大。我们的物种在这一时期起源于非洲，并在非洲大陆内扩展和多样化了 100,000 多年，然后迁移到其他大陆。尽管在非洲大陆的探索和定居时期可能曾多次尝试迁出非洲，但第一批人类直到大约 100,000 年前才设法离开非洲前往近东和中东。他们随后在 45,000 年前迁移到欧洲和大洋洲（Lipson 和 Reich 2017），40,000 年前迁移到亚洲（Wang 等人，2021 年），以及 15,000 年前的美洲（Reich 等人，2012 年）。
The Dynamic Interplay Between Ribosomal DNA and Transposable Elements: A Perspective From Genomics and Cytogenetics
Sònia Garcia and others
Molecular Biology and Evolution, Volume 41, Issue 3, March 2024, msae025, https://doi.org/10.1093/molbev/msae025
虽然两者都是基因组的显著特征，但乍一看，核糖体 DNA 和转座因子是遗传元件，没有太多共同点：核糖体 DNA 主要被视为维护所有主要基因组功能的看家基因，而转座因子通常被描绘成自私和破坏性的。这些相反的特征也反映在其他属性中：串联组织（核糖体 DNA）与分散组织（转座因子）;协同进化（核糖体 DNA）与多样化进化（转座因子）;以及延长基因组稳定性的活性（核糖体 DNA）与缩短基因组稳定性的活性（转座因子）。重新审视已报道核糖体 DNA-转座因子相互作用的相关实例，我们注意到两种重复类型至少具有四个结构和功能特征：（1） 它们是在进化时间尺度上塑造基因组的重复 DNA，（2） 它们交换结构基序并可以进入共同进化过程，（3） 它们是严格控制的基因组应激传感器，在衰老/衰老中起关键作用， （4） 它们共享共同的表观遗传标记，例如 DNA 甲基化和组蛋白修饰。在这里，我们概述了核糖体 DNA 和转座因子的结构、功能和进化特征，讨论了它们的作用和相互作用，并强调了我们在了解核糖体 DNA-转座因子关联方面取得进展的趋势和未来方向。
Degeneration of the Olfactory System in a Murid Rodent that Evolved Diurnalism
Ben-Yang Liao and others
Molecular Biology and Evolution, Volume 41, Issue 3, March 2024, msae037, https://doi.org/10.1093/molbev/msae037
在哺乳动物研究中，一直存在争论，什么可以引发不同感官之间的进化权衡，而啮齿动物（最丰富的哺乳动物分支）的感觉权衡现象并不明显。尼罗河鼠 （Arvicanthis niloticus） 是一种阴态啮齿动物，最近通过进化获得日光视力和增强的视力来适应昼夜生态位。因此，该模型为跨物种研究提供了机会，其中对尼罗河鼠与其密切相关的夜行物种（例如小鼠 （Mus musculus） 和大鼠 （Rattus norvegicus））进行比较形态学和多组学分析。因此，进行了形态学检查，并在尼罗河大鼠中发现了鼻甲骨表面、筛板和嗅球的相对大小的进化减小。随后，我们比较了多个 murid 基因组，并通过 RNA 测序分析了不同年龄的小鼠和 Nile 大鼠的嗅觉上皮转录组。结果进一步表明，与小鼠嗅觉受体 （OR） 基因相比，Nile 大鼠 OR 基因在其进化过程中经历了较低的增益频率、更频繁的丢失和更频繁的表达降低。此外，在 OR 基因中发现了 Nile 大鼠谱系中编码序列的功能退化，但在其他基因中没有发现。综上所述，这些结果表明，尼罗河大鼠视力改善的获得伴随着嗅觉相关解剖结构和 OR 基因库的退化，这与哺乳动物从夜间生活方式转变为昼夜生活方式引发的嗅觉-视觉权衡的假设一致。
Cytonuclear Interactions and Subgenome Dominance Shape the Evolution of Organelle-Targeted Genes in the Brassica Triangle of U
Shenglong Kan and others
Molecular Biology and Evolution, Volume 41, Issue 3, March 2024, msae043, https://doi.org/10.1093/molbev/msae043
细胞核基因组和细胞质基因组之间的相互作用和协同进化是真核生物基因组进化的基本标志之一，并且在 20 亿年后，仍然是新物种形成的主要贡献者。尽管许多研究调查了同种异体多倍体化后细胞核相互作用的作用，但亚基因组优势与细胞核相互作用对基因组进化影响的相对大小仍不清楚。U 的芸苔属三角形具有 3 个二倍体物种，它们在相似的进化时间尺度上共同形成了 3 个独立的异体四倍体物种，为理解细胞质供体对杂交多倍体的贡献提供了一个理想的系统。在这里，我们在全基因组水平上研究了 Brassica carinata （BBCC） 和 2 种 Brassica juncea （AABB） 中细胞器靶向基因的进化模式，特别关注细胞核酶复合物。我们发现部分证据表明质体靶向基因经历了与质体基因组匹配的选择，但在来自这 2 个单独形成的同种异体多倍体的线粒体靶向基因中没有明显的对应信号。有趣的是，作用于质体基因组的选择总是会降低由 B 亚基因组编码的质体靶向基因的保留率，无论黑芸苔 （BB） 亚基因组是由父系还是母系祖细胞贡献的。更广泛地说，这项研究说明了质体和线粒体靶向基因所经历的不同选择压力，尽管遗传和自然历史相同。我们的研究还强调了亚基因组优势在同种异体多倍体基因组进化中的重要作用，即使在功能依赖于单独遗传分子的基因中也是如此。
关键词：
同种异体多倍体， 细胞核相互作用
这是一个种群多态性的证明
Volume 41, Issue 4, April 2024
感觉这一期没什么想关注的，跳过内容，同步改成另一篇的阅读。
