RagTag, Reference-guided genome assembly correction and scaffolding. 是Ragoo的一个升级，可对contig进行correct，锚定，还可以基于Hi-C数据进行正确锚定。

githup：https://github.com/malonge/RagTag

1 安装

conda 快速安装

conda install -c bioconda ragtag

2 简单使用

主要包括以下

• correct; ragtag.py correct -h 可查看其具体参数
• scaffold
• merge

• correct contigs

ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

• scaffold contigs

ragtag.py scaffold ref.fa ragtag_output/query.corrected.fasta

• scaffold with multiple references

ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_*/*.agp

• use Hi-C to resolve conflicts

ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_*/*.agp

参数

-f: 最小的unique 比对长度 默认 1000
-e: 一个含有ref header文本，忽视这些序列
-gff:   断开的contig其断点不再gff间（防止把基因断开）
-o: 输出文件夹 默认ragtat_output
-t:  minimap2 线程
--aligner： nucmer或者 minimap2的路径，默认minimap2
--mm2-params， --nucmer-params 分别可设置其参数
-R: 额外的fasta序列，辅助组装
F: 和-R类似，以文件形式显示
-T： 提供的reads类型。sr, short-reads; corr: error corrected long-reads