flash双端reads拼接成一条

命令:

/share/nas2/genome/biosoft/FLASH/flash ../extract_virus_fq/Human_H240-R01-I_good_1.fq ../extract_virus_fq/Human_H240-R01-I_good_2.fq -o R01.fq > R01.log

生成以下文件

[liaoqp@hpc03-c-0-12 FLASH]$ ls R01.*

R01.extendedFrags.fastq  R01.histogram  R01.notCombined_1.fastq

R01.hist                R01.log        R01.notCombined_2.fastq

*extendedFrags.fastq为拼接后的reads文件

.histogram为拼接后的长度分布图，直接号的长度代表分布

*.hist为长度分布的数字显示(用于作图)