手头上的蛋白质表达不顺利,想做一下密码子优化,但是网站只给出CAI一个指标,并没有具体给出哪些密码子不利于表达。遍寻网站,很多密码子分析工具里没有链霉菌这个选项,遂用google 搜索,找到了SMS这个网站。兹对此工具做简单介绍,需者自取。
SMS(sequence manipulation suite)里边有很多DNA分析工具
这里使用codon plot对密码子偏好性进行分析
1,在上方输入自己的FASTA序列
2,根据目标宿主的密码子偏好性,输入GCG格式的密码子表(点击网页中的codon usage database链接,查找宿主,在Format里选择standard/eubacterial,并点选第二个复选框输出GCG格式,返回原网页,复制粘贴,点submit即可)
3,弹出新的对话窗口,自己分析